25 сентября Гитлер подписал директиву №4, согласно которой следовало
Добившись признания Прибалтики сферой своего влияния, СССР срочно заключает договоры о взаимопомощи: 28 сентября 1939 года с Эстонией, 5 октября — с Латвией, а 10 октября — с Литвой (при этом Литве передавались только что освобождённые от поляков Вильно и Виленская область). Согласно этим договорам, СССР получал право размещать войска, военные и военно-морские базы на их территориях.
Войск было введено немного — чуть больше 60 тысяч человек на всю Прибалтику, и они получили строжайший приказ не вмешиваться во внутренние дела стран пребывания. Как пояснил 25 октября Сталин Димитрову:
Время пришло летом 1940 года. 14 июня СССР предъявил Литве ультиматум, обвинив её в нарушении договора о взаимопомощи и потребовав сменить правительство на лояльное Москве. 16 июня аналогичные ультиматумы были предъявлены Латвии и Эстонии.
Советские условия были выполнены. Созданные в Литве, Латвии и Эстонии новые правительства состояли из дружественно настроенных к СССР политических деятелей. Вышедшие из подполья коммунистические партии заняли ведущее положение в общественной жизни. На массовых митингах выдвигались требования не только соблюдать договоры о взаимопомощи с СССР, но и провозгласить в трёх республиках Советскую власть с последующим вхождением в СССР. Правительства Эстонии (22 июня), Латвии и Литвы (5 июля 1940 года) объявили о проведении выборов в новые верховные органы власти, которые состоялись 14-15 июля. За кандидатов единых списков «партий трудового народа» по официальным данным было подано от 92,8% (в Эстонии) до 99,19% (в Литве) голосов избирателей, принявших участие в голосовании.
21 июля 1940 года вновь избранные парламенты обратились с просьбами о принятии в Советский Союз, которые и были удовлетворены 7-й сессией Верховного Совета СССР: 3 августа Литва, 5 августа — Латвия, а 6 августа — Эстония стали советскими республиками. Насильственно отторгнутая от России Прибалтика в очередной раз вернулась в состав нашей страны.