За январь 1945 года в Литве было зарегистрировано 238 бандпроявлений, в том числе: терактов над работниками НКВД-НКГБ, военнослужащими и совпартактивом — 68, диверсионных актов на объектах транспорта, связи, на государственных и колхозных предприятиях и других важных сооружениях — 6, нападений на государственные и колхозные учреждения и предприятия — 6, других проявлений — 158. В результате было убито 135 человек, в том числе: работников НКВД-НКГБ и офицеров войск НКВД — 8, сержантского и рядового состава — 2, совпартактива — 53, других граждан — 72.
В 1946 году от рук бандитов в республике погибло 6112 человек. Всего же в Литве в 1944-1956 гг. националистами было убито 25 108 человек (из них 993 — дети до 16 лет), в том числе 21 259 литовцев, 3000 русских, 554 поляка, 79 евреев.
В Латвии с 1944 по 1952 год «лесные братья» совершили свыше 3 тысяч диверсионно-террористических актов, в результате которых были убиты 1562 представителя советско-партийного и комсомольского актива, 50 военнослужащих Советской Армии, 64 сотрудника МВД и МГБ, 386 бойцов истребительных батальонов, а также многие члены их семей.
В Эстонии в 1946-1956 гг. бандитами был убит 891 человек, в том числе 447 активистов советских и партийных органов, крестьян, получивших землю в результате проведенной Советской властью земельной реформы, а также членов их семей, 295 бойцов отрядов народной самозащиты, 52 сотрудника правоохранительных органов, 47 военнослужащих.
Подобная деятельность не оставила безучастными советские органы госбезопасности. По всей Прибалтике развернулась ожесточённая борьба с националистическим подпольем.
Согласно донесению от 5 января 1945 года, поступившему из НКВД и НКГБ Литовской ССР на имя Берии, к 1 января 1945 года на освобождённой территории Литвы было арестовано органами НКВД-НКГБ 12 449 человек, убито — 2574 человек. Среди арестованных насчитывалось 3979 членов «Армии Крайовой», 1007 участников литовского подполья, 5456 членов «бандитских шаек и бандпособников».
В течение 1944-1946 гг. органы госбезопасности ликвидировали основные силы «Союза литовских партизан» и «Армии свободы Литвы», в частности, два состава «верховных штабов», десятки окружных и уездных «командований» и отдельных бандформирований. В ходе этих операций было изъято 2400 пулемётов, 14 тысяч автоматов, 20 тысяч винтовок и 15 тысяч пистолетов.
В Латвии органами госбезопасности с 22 июня 1944 по 1 августа 1945 года было убито 672 бандита, задержано и арестовано 10 285 человек, в том числе бандитов и бандпособников — 2228, изменников родины и предателей — 1376, разного антисоветского элемента — 321, дезертиров и уклонившихся от призыва в армию — 6340. При этом было изъято 85 пулемётов, 278 автоматов, 914 винтовок, 159 револьверов, 718 гранат, 384 мины, 110 992 патронов, 23 кг взрывчатых веществ.
К концу 1946 года крупные националистические бандформирования были в основном ликвидированы. Уцелевшие «борцы за свободу», будучи не в силах организовать сколько-нибудь массовое сопротивление Советской власти, постепенно вырождались в заурядных уголовников, живущих за счёт грабежей и вымогательства. Как сообщала заброшенная в тот период в Литву английская агентура:
Однако чтобы окончательно покончить с бандитами, их следовало лишить социальной базы. 21 февраля 1948 года Совет Министров СССР принял постановление №417-160сс о выселении из Литвы членов семей бандитов, а также бандпособников из числа кулаков. Операция, получившая название «Весна», была проведена 22-23 мая 1948 года. Её результатом стала депортация 39 766 человек.
29 января 1949 года было принято постановление Совета Министров СССР №390-138сс «О выселении с территории Литвы, Латвии и Эстонии кулаков с семьями, семей бандитов и националистов, находящихся на нелегальном положении, убитых при вооружённых столкновениях и осуждённых, легализованных бандитов, продолжающих вести вражескую работу, и их семей, а также семей репрессированных пособников бандитов».