«25 ноября 1938 года указом ПВС СССР Н. И. Ежов был освобожден от должности наркома внутренних дел СССР, тогда же ее занял Л. П. Берия. Постановлением СНК СССР от 16 декабря и приказом НКВД СССР от 17 декабря 1938 года первым заместителем наркома внутренних дел СССР и начальником ГУГБ был назначен В. Н. Меркулов.
В апреле 1939 года Ежов и Фриновский были арестованы, а в январе-феврале 1940 года по приговору Военной коллегии Верховного суда СССР оба они вместе с большой группой их бывших подчиненных были расстреляны. Среди расстрелянных в январе-феврале 1940 года чекистов были: Н. Н. Федоров (бывший начальник 2-го управления НКВД СССР), И. Я. Дагин (бывший начальник 1-го отдела 1-го управления НКВД СССР), И. П. Попашенко (бывший начальник 2-го отдела 1-го управления), Н. Г. Николаев-Журид (бывший начальник 3-го отдела 1-го управления), А. С. Журбин (бывший начальник 4-го отдела 1-го управления), З. И. Пассов (бывший начальник 5-го отдела 1-го управления), И. Д. Морозов (бывший начальник 6-го отдела 1-го управления), Л. И. Рейхман (бывший начальник 7-го отдела 1-го управления), И. И. Шапиро (бывший начальник Секретариата и 1-го с/о НКВД СССР).
Заместителей наркома внутренних дел, работавших вместе с Ежовым, постигла та же участь, что и самого «железного наркома»: Я. С. Агранов, М. Д. Берман, Л. Н. Вольский, С. Б. Жуковский и Л. М. Заковский были расстреляны, В. М. Курский застрелился сам, М. И. Рыжов умер в тюрьме, находясь под следствием.
Масштабы бериевской чистки в НКВД впечатляют. Всего за 1939 год из органов госбезопасности были уволены 7372 человека (22,9 процента от общего количества оперативно-чекистских кадров НКВД СССР), из них 66,5 процента – за должностные преступления, контрреволюционную деятельность и по компрометирующим материалам. Только из Центрального аппарата НКВД СССР в 1939-м были уволены 695 сотрудников оперативно-чекистского состава.
На оперативные должности госбезопасности по всем аппаратам НКВД в 1939-м были приняты 14 506 человек (45,1 процента от всей численности оперативных сотрудников). Из них 11 062 человека прибыли из партийных и комсомольских органов, 1332 – переведены из управлений и отделов вне УГБ, 1129 – выдвинуты из канцелярских и технических сотрудников, 347 – прибыли из РККА, 34 – из чекистского запаса и 602 человека были приняты на работу по заявлениям.
В Центральный аппарат НКВД СССР в 1939 году на оперативные должности в госбезопасности прибыли 3460 человек, из них 3242 – из партийных и комсомольских организаций. В числе прибывших из партийных организаций были сам нарком внутренних дел СССР Л. П. Берия (прибыл с должности 1-го секретаря ЦК ВКП(б) Грузии), а также С. Н. Круглое и С. Е. Егоров, пришедшие из ЦК ВКП(б) и назначенные один на должность Особо-уполномоченного НКВД СССР (следствие по делам сотрудников НКВД), затем заместителя наркома по кадрам, другой (5 марта 1939-го) – на должность заместителя начальника ГУЛАГа.
Масштабы чистки НКВД видны по тому, что в 1939 году из пяти начальников главных управлений Центрального аппарата НКВД СССР сменились четверо, из пяти заместителей и помощников начальников главных управлений – тоже четверо, из 31 начальника оперативных отделов – 28 человек, из 72 заместителей и помощников начальников оперативных отделов Центра – 69. Всего из 6174 человек руководящих оперативно-чекистских кадров в 1939 году было сменено 3830 человек (62 процента).
На 1 января 1940 года в структурах госбезопасности числились 32 163 оперативных сотрудника, из них в Центральном аппарате НКВД СССР – 3573 человека (11,1 процента), в НКВД/У НКВД – 21 756 (67,6), в ДТО (дорожно-транспортных отделах) – 3070 (9,5) и в Особых отделах военных округов – 3764 человека (11,8 процента): приведенные количественные данные неполны, но показывают пропорции, существовавшие в оперативных кадрах НКВД в 1939-м. 26 736 человек (83,1 процента оперативного состава органов НКВД) были членами ВКП(б), 4810 (15) – членами ВЛКСМ, 617 человек (1,9 процента) – беспартийными. В числе беспартийных сотрудников Центрального аппарата НКВД были старейшие чекисты, пережившие двух председателей ОГПУ и трех наркомов внутренних дел СССР, – начальник Центрального планово-финансового отдела Л. И. Берензон, начальник ГУЛЖДС Н. А. Френкель.
На 1 января 1940-го высшее образование имели 2036 чекистов (6,3 процента), неполное высшее – 897 (2,8), среднее – 11 629 (32,6), низшее – 17 601 (54,7 процента).
В руководящем оперативном составе Центрального аппарата НКВД (603 человека) 146 (24 процента) имели чекистское образование, закончив либо Высшую школу НКВД СССР, либо межкраевые школы или различные курсы. По стажу работы в «органах» руководящий оперсостав Центрального аппарата НКВД делился так: до 1 года – 57 человек (9,4 процента), от 1 до 3 лет – 84 (30,5), от 3 до 6 лет – 43 (7,2), свыше 6 лет – 319 человек (52,9 процента). По возрасту из 3573 оперативных сотрудников Центрального аппарата НКВД моложе 24 лет было 363 человека (10,2 процента), от 25 до 35 лет – 2126 (59,5) и свыше 35 лет – 1084 человека (30,3 процента).
На 1 января 1940 года из общего числа оперативных сотрудников имели специальные звания государственной безопасности (были «аттестованы») 21 536 человек (67 процентов), из них звание комиссара ГБ 1 ранга имел лишь Л. П. Берия, комиссара ГБ 2 ранга – один С. А. Гоглидзе, комиссара ГБ 3 ранга – трое, старших майоров ГБ было 10, майоров ГБ – 65, капитанов ГБ – 361 (1,7 процента оперативных сотрудников), старших лейтенантов ГБ – 1315 (6,1), лейтенантов ГБ – 4011 (13,6), младших лейтенантов – 6352 (29,5) и сержантов ГБ – 9418 (43,7 процента от общего количества аттестованных оперативных сотрудников).
Национальный состав оперативных сотрудников Центрального аппарата выглядел так: русских – 3073 (84 процента), украинцев – 221 (6), евреев -189 (5), белорусов – 46 (1,25), армян – 41 (1,1), грузин – 24 (0,7), татар – 20 (0,5), мордвинов – 10 (0,2), чувашей – 6 (0,1), осетин – 5 (0,1 процента), остальные сотрудники других национальностей».