Изучение вопроса выявило явную несогласованность действий начальников разведывательного и контрразведывательного отделений военных штабов, которые, казалось, должны были работать в тесном контакте и взаимодействии (тем более, что по существующему положению первый являлся старшим начальником второго). Но на практике, как отмечал в итоговой записке комиссии Моллов, эти подразделения были совершенно самостоятельны и не знали, что каждое из них делает, а когда вопросы розыска и разведки пересекались, то начиналась бюрократическая переписка и розыск двигался “черепашьим шагом".
Положение усугублялось, как писал в своем обзорном документе член комиссии жандармский подполковник П. П. Кашинцев, и обстоятельством чисто профессионального плана: начальники разведотделений в вопросах борьбы со шпионажем, часто обнаруживали полную некомпетентность, в том числе в понимании самих “приемов, терминов и понятий, которые для опытного розыскного офицера являются самыми обычными”.
Существенной ошибкой Военного ведомства в деле организации борьбы со шпионажем по мнению комиссии, являлся секретный характер самих контрразведывательных отделений (КРО). Как писал Моллов, они не могли “рассчитывать на весьма необходимые в их делах поддержку и содействие правительственных учреждений, а тем более общества”. “Между тем, — указывал он, —
В числе других причин, мешающих работе, отмечались не только малочисленность аппарата, но и отсутствие реальной исполнительной власти у начальников КРО как жандармских офицеров, ибо санкцию на оперативные действия, они должны были получать у чинов генерального штаба, состоящих при соответствующих генерал-квартирмейстерах, или у самих генерал-квартирмейстеров в случае необходимости наблюдения за офицерами. Начальнику КРО, как правило младшему офицеру “добраться” до генерала, загруженного текущей штабной работой было не просто.
Возникали и проблемы взаимодействия с представителями ГЖУ, которые должны были проводить необходимые следственные действия по представлению КРО. К этому добавлялись и чисто психологические моменты. Моллов достаточно откровенно на них указал: “К жандармским чинам военная среда вообще относится недружелюбно… их терпят только по необходимости…”
Общий вывод комиссии звучал довольно пессимистично: "Таким образом, начальники бюро (т. е. КРО — В. М.), обособленные от жандармских и общеполитических органов сыска, сдавленные нелегальностью и конспиративностью, лишенные всякой исполнительской (так в тексте) власти, часто находятся в безвыходном положении и представляют из себя каких-то пасынков службы".
Решение острой кадровой проблемы существовавшей в органах военной контрразведки Моллов видел в придании статуса государственных служащих гражданским сотрудникам КРО, исполнявших обязанности чиновников-делопроизводителей, работников канцелярии, агентов наружного наблюдения.
Свои предложения по вопросам совершенствования контршпионажа в стране дал и бывший начальник КРО Главного управления Генштаба полковник отдельного корпуса жандармов В. А. Ерандаков, который с 1910 по лето 1915 года состоял в Военном ведомстве. Он более резко, чем Моллов, в своей записке высказался о возможностях военных в одиночку организовать борьбу с возросшей в годы войны разведывательно-подрывной деятельностью противника.
По сфере своей деятельности, писал Ерандаков, "немецкая шпионская организация подразделяется на военный, морской, дипломатический и торгово-промышленный шпионаж”. Причем германская разведка занимается не только сбором информации, но диверсионно-террористической и пропагандистской деятельностью. Вследствие этого, продолжал полковник, организовать успешную борьбу с таким тайным противником может лишь Департамент полиции с его органами государственной охраны и безопасности. Оценивая сложившуюся в России систему борьбы со шпионажем, Ерандаков далее нелицеприятно заявляет: “Должно по справедливости отметить, что учрежденные пять лет тому назад Главным управлением Генерального штаба органы так называемой "контрразведки" — хилы и бесправны, влачат малополезное существование, так как их деятельность направлена исключительно лишь на борьбу с военным шпионством… И если иногда деятельность этих органов и является успешной, то в большинстве случаев благодаря лишь постоянной и энергичной помощи жандармских управлений и охранных отделений, а также перлюстрационным данным, поступающим в ГУГШ…"