Л. Джонсон и Э. Гувер имели основания опасаться пересмотра результатов официального расследования. Еще больше они страшились прихода Роберта Кеннеди в Белый дом, так как он неминуемо уволил бы директора ФБР и вскрыл бы, кто явился организатором убийства его брата.
Тем временем начался ряд местных расследований «преступления века». В 1966 году этим занялись: окружной прокурор Нового Орлеана Джим Гаррисон, калифорнийский инженер-электронщик Дэвид Лифтон и другие.
Требования о пересмотре обстоятельств покушения на Джона Кеннеди резко усилились после убийства в 1968 году Роберта Кеннеди и видного негритянского деятеля Мартина Лютера Кинга. В сентябре 1976 года палата представителей Конгресса США приняла решение о создании специальной комиссии по расследованию убийства президента Кеннеди.
В результате было установлено, что Руби, Освальд и его жена являлись агентами ФБР. Однако ФБР отказывалось предоставить комиссии имеющиеся на них материалы. Освальд и Руби были связаны с кадровыми сотрудниками и агентами ЦРУ. В южных штатах США — Флориде, Техасе, Луизиане — главное разведывательное ведомство Вашингтона поддерживало связь с мафией и террористами, которых оно планировало использовать для убийства Фиделя Кастро.
Вначале Джека Руби приговорили к смертной казни, однако в 1966 году приговор отменили и назначили новое судебное разбирательство за пределами штата Техас. Находясь в далласской окружной тюрьме с весны 1964 года, Руби стал просить, чтобы его перевели в другое место, и обещал, что в этом случае он расскажет всю правду. С такой же просьбой Руби обратился в конце мая к комиссии Уоррена.
7 июня 1964 г. в тюремную камеру Джека Руби вошли сам председатель комиссии Уоррен и член комиссии конгрессмен Джеральд Форд, известный среди законодателей как «лучший друг ЦРУ», а также два полицейских. Заключенный буквально умолял Уоррена перевести его из Далласа в Вашингтон. «Здесь нельзя говорить об убийстве Кеннеди», — твердил Руби.
Председатель Верховного суда отказал в просьбе под невразумительным предлогом: «…такая операция привлекла бы всеобщее внимание и поэтому пришлось бы увеличивать охрану в самолёте». Руби все понял и на прощание сказал Уоррену и Форду: «Вы меня больше никогда не увидите. Я в этом уверен».
В конце 1966 года, после того как его смертный приговор отменили, Руби заболел и его поместили в Парклендский госпиталь. 3 января 1967 г. заключенный умер. Перед смертью он сказал, что «ему ввели раковые клетки».
Таким образом, до нового суда Руби не дожил. Говорят, ему не дали дожить. И похоже, что это правда.
К осени 1966 года у окружного прокурора Нового Орлеана набралось достаточно свидетельских показаний о том, что к организации убийства причастны некоторые жители его города. В 1964 году умер Г. Бэннистер, хозяин частного сыскного бюро, до этого служивший начальником отделения ФБР в Чикаго. Через несколько часов после смерти в его конторе появились сотрудники ФБР и увезли весь архив. Однако, видимо, впопыхах обронили список некоторых секретных дел. В нем значились материалы о ЦРУ, Международном торговом центре и другие. Спустя некоторое время секретарша и любовница Бэннистера Дельфина Робертс дала показания, согласно которым покойный получал большие суммы от ЦРУ на выполнение заданий. В числе его связей она назвала Освальда. Контора Бэннистера помещалась в трехэтажном доме под номером 544 по улице Кэмп. Этот дом посещали кубинские эмигранты из антикастровских организаций. В сыскном бюро работал цэрэушник Дэвид Ферри. Кроме того, ЦРУ в помощь Бэннистеру для руководства антикубинскими организациями выделило двух своих сотрудников — Гордона Новела и Хьюга Уорда.
Прокурор Гаррисон заинтересовался Международным торговым центром и его управляющим Клеем Шоу. Выяснилось, что К. Шоу руководил таким же центром в Риме и что оба учреждения служили «крышами» для ЦРУ.
В Новом Орлеане свои темный дела Шоу проворачивал руками Бэннистера и других махровых реакционеров. Его подручный Дэвид Ферри имел контакты с боссом новоорлеанской мафии Карлосом Марчелло.
Джим Гаррисон нашел семь надежных свидетелей, которые подтвердили, что Шоу двадцать раз встречался с Освальдом, Руби и Ферри.
1 марта 1967 г. Гаррисон арестовал Клея Шоу, предъявив ему обвинение в заговоре с целью убийства Джона Кеннеди, и выпустил его под залог. А 14 марта состоялось предварительное слушание, которое должно было определить, есть ли достаточные доказательства и основания для привлечения Шоу к суду. На слушание собралось более двухсот корреспондентов и фоторепортеров.
Главный свидетель Джима Гаррисона двадцатипятилетний агент страховой компании Перри Руссо, который в течение нескольких лет близко знал Дэвида Ферри, рассказал, что в сентябре 1963 года он находился в гостях у последнего. Там также присутствовали Освальд и седой джентльмен, представившийся как Клей Бертран. Далее Руссо сказал, что Ферри, Освальд и Бертран в его присутствии договаривались о том, что надо убить президента Кеннеди.
Прокурор спросил Руссо: