Позднее наступил упадок пещерной архитектуры. Земледельцы младшей эпохи каменного века стали сооружать более основательные жилища вблизи своих полей, которые заняли в их жизни место прежних охотничьих угодий. Конечно, пещеры не пришли в полный упадок: то тут, то там люди открывали новые пещеры; вероятнее всего, это были пастухи, выгонявшие свои стада за пределы территорий, пригодных для земледелия, а может быть, охотники, чей промысел становился необходимым подспорьем в периоды, когда не хватало продуктов земледелия. Время от времени в пещерах селились, особенно во времена более древние, и земледельцы. Одно из таких исключений представляют люди, принадлежавшие буковогорской неолитической культуре, обитавшие приблизительно в V тысячелетии до н. э. неподалеку от нынешней словацко-венгерской границы. Во многих пещерах на юге Словацкого краса обнаружены черепки их превосходно украшенной керамики, однако совершенно уникальный случай представляет собой подземная деревня в пещерном комплексе Домница, известном многим как достопримечательный туристский объект.
Эта пещера имеет свою историю. Она расположена в южной части Силицкой равнины, куда люди хаживали с давних пор к пещере Барандла (ныне это территория Венгрии) из городка Плешивца. Хотя понор, поглощавший воды в известняковых скалах под холмом Домнице, всякого мало-мальски знакомого с карстовыми явлениями мог навести на мысль о неизвестных подземных пустотах, никто на это не обращал внимания до самого 1920 г., когда здесь вдоль новой государственной границы стали ходить патрули чехословацкой таможенной охраны. Внимательным наблюдателем оказался Ян Майко, проникший первым с помощью других стражников в домницкое подземелье. Обнаруженный лабиринт состоял из горизонтальных коридоров общей длиной более 7 км. Их промыла за десятки тысячелетий подземная речка, названная позднее мифологическим именем Стикс. Оказалось, что домницкая подземная система связана непосредственно с намного более обширной системой подземных ходов на венгерской стороне, известной под именем Барандлы.
В отличие от большинства местонахождений такого рода Домница — пещера неолитическая. Следы палеолитических охотников там лишь единичны. Только человек буковогорской культуры оценил ее преимущества: теплый и мягкий микроклимат и достаточное количество питьевой воды. По-видимому, в пещере поселился целый разветвленный род, ее коридоры были заселены на протяжении почти 3–4 км. Людей не остановило то, что по временам речка (бог знает, как тогда именуемая) заливала подземные коридоры. Свои возможности стихия продемонстрировала в 1955 г., когда вода затопила долину, взломала крепкие двери, которыми был перекрыт вход в пещеру, и привела в негодность ее привходовую часть.
Для лучшего обустройства своего места обитания люди выбрали один из залов на пересечении коридоров вблизи подземного потока и там соорудили свои жилища. От них осталось множество ямок в полу; судя по всему, это следы сравнительно легких конструкций из жердей. Ямки были сосредоточены на небольшой площади, так что точно установить план хижин или шалашей не удалось; очевидно было одно — здесь было осуществлено несколько строительных усовершенствований в виде перестроек и новостроек и некоторые из сооружений уже были в плане прямоугольными. Интересное свидетельство домашней жизни человека того времени представлял очаг, устроенный непосредственно в жилище, а может быть, и на открытом пространстве пещеры. Особенно большим он быть не мог, так как располагался слишком глубоко под землей, где не могло быть достаточной вентиляции. Вокруг некоторых очагов остались ямки, вероятно, от опор для вертела. Всего таких очагов обнаружено 11, и потому зал получил в туристско-спелеологической терминологии поэтическое наименование Зала одиннадцати огней.
В пещере проходила большая часть домашней жизни этих людей, скорее всего пастухов, избравших пещеру в качестве своего зимнего обиталища. Здесь же содержались овцы, козы и пастушьи собаки. Тут же выделывались сосуды из глины: подходящая тонкая и вязкая глина была прямо внутри пещеры. Кроме черепков, на стоянке сохранились и целые сосуды: один из них неподалеку от того места, где набирали воду из речки (в боковом коридоре, в так называемом Зале мужества), лежит там и сегодня — за тысячелетия он оброс сталагмитами и покрылся синтровой коркой.