Политическое упрочение «конкордата» между государством и Церковью произошло в годы патриаршества Алексия I. После кончины Патриарха Сергия 15 мая 1944 г. Митрополит Алексий вступил в должность Патриаршего Местоблюстителя. До того весь период блокады он безотлучно находился в Ленинграде, был награжден медалью «За оборону Ленинграда». По некоторым данным, Митрополиту Алексию разрешили остаться в осажденном городе специально, чтобы поддержать моральный дух населения. По воспоминаниям блокадников, проповеди Митрополита Алексия были полны патриотического подъема и давали много душевной силы ленинградцам, помогали им выжить. На некоторых богослужениях в Никольском кафедральном соборе Ленинграда присутствовало командование Ленинградского фронта194. В изданных в
1944 г. патриотических посланиях по случаю Пасхи и освобождения Ленинградской области Митрополит Алексий утверждал, что «советская власть» — это «наша власть», и призывал помогать Красной Армии195.
18 мая 1944 г. в кафедральном патриаршем Богоявленском соборе в Москве состоялось отпевание и погребение патриарха Сергия, на которое «собралась огромная масса верующих». На этом траурном мероприятии в качестве представителя СНК СССР присутствовал Карпов. СНК СССР выразил Священному синоду РПЦ официальное соболезнование. В своем ответном послании Митрополит Алексий выразил правительству «глубокую благодарность за его высокое внимание к нашей православной церкви».
В посланиях иерархов РПЦ и иных церковных материалах 1944–1945–х гг. отношение к руководству страны выражали такие слова, как «чувство самой искренней любви», чувства «глубокой любви и благодарности», «уверения в искреннем и глубоком уважении», «искренние благодарные чувства». Сталин именовался «Богоданным Вождем», «дорогим», «мудрым», «Богопоставленным Вождем народов нашего великого Союза», «глубокочтимым», «любимым Верховным Вождем», «величайшим из людей современной нам эпохи», «гениальным вождем многомиллионного государства», «родным», «глубокоуважаемым», «нашим Великим Сталиным». Отношение государства к Церкви характеризовалось как «любвеобильное», «высокое внимание», «отеческая забота»196.