От смерти отец Арсений спасся чудесным образом. Летом 1855 года в своей квартире в 12 часов ночи он внезапно проснулся от сильной жажды и вышел из комнаты (где спал для безопасности на полу, у стены, ниже подоконника). Лишь только он перешел через сени на кухню, в спальню влетела бомба, и, разорвавшись, разрушила половину дома, ранив спавшего в соседней квартире малолетнего сына священника Антония Демьяновича.
Разрушенная Петропавловская церковь, где служил отец Арсений Лебединцев. Севастополь, 1855 год
В Севастополе отец Арсений становится духовником Крестовоздвиженской общины сестер милосердия, прибывшими из Санкт-Петербурга в осажденный город доброволицами. Община находилась под покровительством Великой княгини Елены Павловны. Вместе с общиной приехал и афонский иеромонах Вениамин. За оборону Севастополя иеромонах Вениамин был награжден орденом св. Анны 3-й ст. и наперсным крестом на Георгиевской ленте, однако, по мнению отца Арсения, ему плохо подходила роль духовника для санитарок. Молодые девушки получили образование в Санкт-Петербурге, а иеромонах Вениамин был человек простой, привыкший к строгому Афонскому уставу. По этой причине отец Арсений постарался найти ему более подходящее место. Об этом он пишет в таких словах: