В 1950 году В. А. Обручеву была вторично присуждена Сталинская премия 1-й степени — на этот раз за труд «История геологического исследования Сибири» в пяти томах. В 1953 году он был награжден орденом Ленина за выслугу лет, а затем еще одним орденом Ленина — пятым по счету — «за выдающиеся заслуги и в связи с 90-летием».
Торжественное заседание проходило в Москве, в Институте геологических наук. Выступали академик Д. И. Щербаков, академик Д. В. Наливкин, ученики. А на дачу в Мозжинку (под Звенигородом), где все последние годы жил Обручев, приехали президент Академии наук академик Александр Николаевич Несмеянов и главный ученый секретарь Президиума академик Александр Васильевич Топчиев.
Владимир Афанасьевич редко уже выезжал в Москву — замучили бронхиты, воспаления легких, которые возникали при малейшей простуде.
«Начавшаяся после дня моего 90-летия… нагрузка меня всякими просьбами, присылками статей на отзыв, на помещение в журнале довели меня до полного переутомления, и я уже полтора месяца назад получил предложение врача прекратить умственную работу, а недавно, в конце дня, занятого с утра до вечера писанием, правая рука начала так дрожать, что я вынужден был прервать работу и три дня лежал в кровати. Как видите, я опять пишу, но вынужден теперь соблюдать большую осторожность и сильно сократить умственную работу вообще и письменную в особенности».
Однако Владимир Афанасьевич по-прежнему оставался директором Института мерзлотоведения АН СССР и по-прежнему стремился быть в курсе всех дел института.
Вспоминает Андрей Маркович Чекотилло, который долгие годы был заместителем директора и сотрудником Института мерзлотоведения:
«По своей натуре и долголетней привычке В. А. Обручев не мог оставаться без работы, без неустанного труда, который ограничивался только физической возможностью, состоянием здоровья (…). Необходимо подчеркнуть, что В. А. Обручев работал без чьей-либо помощи, у него не было ни секретаря, ни референта, и только его жена Ева Самойловна кое в чем помогала ему, но в очень ограниченных размерах. Много времени приходилось тратить на отзывы по диссертациям и разные заключения, вплоть до заключения по макету Детской энциклопедии (…). Но больше всего беспокоило Владимира Афанасьевича положение его детища — Института мерзлотоведения, носившего его имя и директором которого он был до последних дней жизни. По состоянию здоровья В. А. Обручев вынужден был переехать из Москвы на постоянное жительство на даче в академическом поселке Мозжинка… Там он принимал приезжавших по разным делам своих заместителей по Институту мерзлотоведения, ученого секретаря и других сотрудников института. Владимир Афанасьевич тяготился своей обязанностью быть директором института, не имея физической возможности уделять ему столько времени и внимания, сколько было нужно. Он не раз говорил мне начиная с 1946 года: «Ну какой я директор, если не могу бывать в институте даже на заседаниях Ученого совета?» Но его не освобождали от этой должности, и он с присущей ему добросовестностью старался выполнять свои обязанности директора института как можно лучше, насколько ему позволяло состояние здоровья…»