Однако далеко не все иностранцы погибли в этой вакханалии убийств. Экипаж «Орла» сумел избежать гибели. Было очевидно, что захват Астрахани окончательно поставил крест на попытках русского правительства организовать военный флот на Каспийском море. Пока в низовьях Волги казачьи отряды грабили и разоряли города, правительство мало думало о его судьбе. Еще весной Алексей Михайлович повелел Ботлеру и его подчиненным вернуться в Москву. Однако сначала этому помешали корабельные заботы, а затем иностранцев задержал сам воевода Прозоровский, отчаянно нуждавшийся в верных людях с боевым опытом Видя опасность сложившейся ситуации, Ботлер накануне штурма Астрахани собрал совет, на котором было принято решение бежать из города в Персию, если город захватят восставшие. Голландцы быстро купили на рынке необходимые припасы и сели в шлюпки. К сожалению, экипаж так и не дождался возвращения из города самого Ботлера и нескольких его спутников и отплыл самостоятельно. На следующий день Ботлер, пушкарь Брандт, лекарь Термунд и еще два матроса вернулись на «Орел», но застали его покинутым. Подчиняясь долгу, Бранд со своими спутниками вернулся в крепость и участвовал в ее защите. К счастью, голландцам удалось избежать резни и вовремя скрыться, не разделив судьбу командования гарнизона. Поскольку путь к Москве был закрыт повстанцами, они, так же как и их товарищи, решили на шлюпке бежать в Персию.
Ботлер и Термунд смогли выбраться через крепостные стены в ров, а затем двинулись по берегу реки. Здесь они отыскали лодку и на ней устремились вниз по течению, до царских учугов в устье Волги. Рыбаки помогли несчастным иностранцам, дали им хлеба и сушеной рыбы на дорогу. После этого иностранцы вышли в Каспийское море. Однако тут им повстречался отряд из 300 стрельцов во главе с полковником, который направлялся на стругах в Астрахань из Теркского городка. Не зная о захвате Астрахани, они очень удивились, встретив двух оборванных иноземцев. Когда голландцы рассказали полковнику о бедственном положении в городе, тот не нашел ничего более умного, как рассказать об этом своим стрельцам. Новости вызвали настоящее волнение среди стрельцов, которые немедленно взбунтовались. Несчастный полковник и три капитана были схвачены и связаны по рукам и ногам, вместе с голландцами. Всех их снова доставили в Астрахань.
Ботлер и Термунд снова оказались в руках восставших. Стрельцам показалось, что за них молено получить хороший выкуп, поэтому им сохранили жизни. К счастью, благодаря заступничеству другого офицера Людвига Фабрициуса, которого многие принимали за казака, они сохранили свои жизни, и им не пришлось искать деньги, которых у них и так не было. Благодаря хитрости и помощи Фабрициуса они смогли найти лодку и снова бежали из Астрахани. Интересен тот факт, что зарубежная пресса, не зная точных подробностей событий в Астрахани, изобразила судьбу экипажа самым печальным образом. Так, «Северный Меркурий», издававшийся в Риге, в сообщении от 1 сентября 1670 года о событиях в России заявил, что Ботлер долго оборонялся со своим судном, но в итоге был убит. В реальности их взяли в плен персы уже у Дербента. К сожалению, их дальнейшая судьба сложилась по-разному. Большинство членов экипажа «Орла» остались в Персии или вернулись на родину окружным путем на кораблях своих соотечественников, торговавших в Индийском океане. Из них только двое — лекарь Термунд и пушкарь Карстен Брандт — впоследствии снова вернулись в Россию. «Орел» так и не выполнил своей основной задачи. Захватившие Астрахань повстанцы сожгли и корабль и яхту. Для них они не представляли никакой ценности, поскольку казаки не привыкли управлять столь крупными судами. Кроме того, они ассоциировались у разинской вольницы с царским правительством, которое стремилось укротить вольнолюбивый дух казачества.
В результате штурма Астрахани мощная крепость пала буквально за несколько часов. Немногие сопротивлявшиеся были убиты, а те, кто укрылся в церквях, были захвачены, связаны и доставлены на судилище. Большинство пленных дворян были приговорены к смертной казни. Казаки немедленно стали расправляться со сторонниками царских властей. Одних просто убивали, других пытали, третьих сажали в тюрьму. Воевода Борис Иванович Прозоровский укрылся в доме митрополита. Однако 13 июля казаки ворвались туда и схватили его. Они подвесили его за ноги на городской стене. Вместе с ним был казнен и подьячий Алексей, которого подвесили за ребро на крюк. Вместе с ними на городских стенах была подвешена за ноги и жена князя Прозоровского Параскева Федоровна. На следующий день все они были сняты со стены, при этом тело князя Бориса Ивановича было сброшено со стены, а вместо него на стену повесили сына персидского адмирала, захваченного в бою у Свиного острова. Всего за день было казнено