В июне 1851 года во вновь образованном казачьем войске состояло 48 169 человек мужского пола. Оно подчинялось генерал-губернатору, а не командующему войсками, в отсутствие генерал-губернатора — старшему воинскому начальнику. При главном управлении Восточной Сибири было учреждено особое казачье отделение, которое должно было заниматься всеми делами Забайкальского казачьего войска.
На службе по штатам строевых частей из лиц мужского пола казачьего сословия должно было состоять: в 4 русских (вместе с тунгусами) полках — 3504 человека; в 2 бурятских — 1726 человек; итого конных — 5230 человек. В 12 пеших русских батальонах — 12 486 человек. Всего в войске — 17 716 человек. Забайкальский городовой казачий полк и Верхнеудинские станичные казаки образовали 1-й полк: пограничные русские казаки вошли во 2-й и 3-й полки; тунгусский полк стал именоваться 4-м полком, а 5-й и 6-й полки были сформированы из 4 бурятских полков.
11 июля 1851 года была учреждена Забайкальская область. Первым губернатором ее стал генерал-майор Запольский, бывший бригадный командир 24-й пехотной дивизии. 23 октября 1851 года он вступил в исполнение должности наказного атамана Забайкальского казачьего войска.
Были назначены другие должностные лица. Для обучения казачьих частей строю были подготовлены инструкторы из числа лучших казаков.
Летом 1852 года Муравьев произвел смотр казачьих частей, которыми остался доволен.
Положениями от 17 марта 1851 года, 21 июня 1851 Года, 8 августа 1858 года в Забайкальском казачьем войске было введено следующее административное устройство. Все войско делилось на пешее и конное, каждое из которых состояло из 3 бригадных округов, а бригадный округ разделялся в пешем — на 4 батальона, а в конном — на 2 сотенных округов; местное высшее управление, подчиненное наказному атаману, состояло из войскового правления, войскового дежурства и особой канцелярии при наказном атамане; среднюю инстанцию представляли 6 бригадных управлений, состоящие из бригадного управления и бригадной канцелярии.
Низшее звено в конном войске состояло из 36 сотенных, а в пешем — из 12 батальонных управлений. Три пешие бригады были расположены по долинам рек Газимуру, Унде, Онону и Ингоде, а три конные бригады размещались в основном вдоль китайской и монгольской границ. Штабы батальонов были сильно разбросаны по занимаемым бригадами территориям. Например, штаб второй пешей бригады находился в Шелопугино, а штабы ее четырех батальонов находились по всей Унде — в станицах Шелопугинской, Жидкинской, Ундинской и Ново-Троицкой. Штаб первой пешей бригады находился в Газимурском Заводе, а третьей — в Бянкино, в начале Нерчинского тракта.
Войско подчинялось военному министру через генерал-губернатора Восточной Сибири, пользовавшегося правами командира отдельного корпуса.
В военное время каждый округ выставлял соответствующую строевую часть: 6 конных полков и 12 пеших батальонов, составлявших три конные и три пешие бригады. Таким образом, Забайкальское казачье войско являлось войском, поселенным в определенных районах. Казаки жили обыкновенными поселениями, занимались в зависимости от условий местности земледелием, различными промыслами, скотоводством, но имели военное правление.
Непосредственным ближайшим начальником Забайкальского казачьего войска был войсковой наказной атаман, живший в городе Чите. По части военной он действовал через войсковое дежурство как начальник дивизии, а по гражданской — через войсковое управление как губернатор. Наказной атаман следил за боевой готовностью и боевой подготовкой войск, за порядком в войске. Наказной атаман назначал и заменял сотенных командиров, производил казаков в урядники, наблюдал за исправным несением казаками службы (в особенности пограничной) и ведением их собственного хозяйства.
Войсковое дежурство заведовало частями: инспекторскою (военная служба и личный состав), военно-ссудной и врачебной. Во главе войскового дежурства стоял дежурный штаб-офицер.
Инспекторской частью заведовал старший адъютант, военно-ссудной — аудитор, медицинской — войсковой доктор.
Войсковое правление под руководством наказного атамана ведало делами: административными, полицейскими, хозяйственными и контролем. Оно состояло из старшего члена, двух асессоров, войскового контролера и разделялось на три «экспедиции»: хозяйственную, гражданскую и контрольную.
Старший член правления назначался из регулярных штаб-офицеров, асессоры — из казачьих офицеров, а контролер — из членов государственного контроля.
Для судебного делопроизводства при войсковом управлении находился стряпчий (юрист), который назначался министром юстиции.
В 1857–1858 годах в штатах управления Забайкальского казачьего войска были внесены изменения в сторону их увеличения.