Прошло почти три года после подписания Хасавюртского соглашения, и Чечня их даром не теряла. Летом 1999 года события в этой республике опять вышли на первое место в сводках новостей. Стал реализоваться план переноса войны на территорию соседнего Дагестана. Основанием для этого считалось то, что когда-то, во времена имама Шамиля, Дагестан и Чечня составляли единое исламское государство, и теперь настало время для его восстановления. На самом деле причина событий была экономической: выход к Каспийскому морю давал чеченцам возможность участия в нефтяных проектах по добыче и транспортировке нефти на Запад.
С августа 1999 на территорию Дагестана начали просачиваться первые группы и отряды чеченских боевиков под командой Басаева и араба Хаттаба. Численность вторгшихся точно определить было нельзя, потому что к ним быстро примкнули ваххабиты из местных жителей и другие сторонники, но, по оценке дагестанских спецслужб, пришельцев из Чечни было не менее двух тысяч.
Уже 4 августа Госсовет Дагестана обратился к Москве с просьбой о срочной присылке воинских сил для предотвращения массированного вторжения боевиков. Ельцин велел премьер-министру Степашину лично выехать в Дагестан, чтобы разобраться в обстановке и принять неотложные меры. К сожалению, Степашин, как и большинство «выдвиженцев демократии», обладая более чем средними способностями, только создавал суету, а положение ухудшалось. Раздражённый Ельцин сместил его с поста премьер-министра, и предложил завизировать проект Указа о назначении вице-премьером В. В. Путина, что дало ему возможность через несколько дней назначить Путина премьером.
Новый премьер сразу начал формирование правительства, как кабинета войны. Управление войсками было передано Генеральному штабу. Путин дал указание о должном материально-техническом оснащении войск, дислоцированных на Северном Кавказе, объявив, что не считает справедливым, когда российские миротворцы в Боснии получают по тысяче долларов в месяц, а военнослужащие, рискующие жизнью на Кавказе, не получают вовремя даже свою нищенскую зарплату. Местные дагестанские ополченцы получили оружие и выполняли боевые задачи наравне с военнослужащими. Их роль в отражении агрессии очень велика, они служили проводниками для армейских подразделений, мужественно обороняли родные селения до подхода подкреплений, несли караульную службу и прочее.
Такая позиция резко контрастировала с политикой предыдущих политиков, боявшихся решительных мер; она нравилась народу. Однако целый месяц тяжёлых боёв в горах, хоть и привёл к определённому перевесу федеральных сил, начавших вытеснять боевиков с территории Дагестана, «притушил» народные восторги: затяжная война никак не могла бы быть популярной. Но 9 сентября в 5 часов утра был взорван жилой дом в Москве на улице Гурьянова. Через четыре дня на Каширском шоссе был взорван ещё один жилой дом; погибли 118 человек. Вскоре взрывы раздались в Волгодонске, Буйнакске, Каспийске. Это переменило настроение в стране по отношению и к Чечне, и к решительным действиям нового премьера. Появились сообщения социологов о стремительном росте рейтинга В. Путина.
Позже опальный олигарх Березовский намекал, что всё это происходило не без его участия, что это он — автор многих сценариев, приведших к раздуванию авторитета ничем не примечательного человека, ординарного ФСБ-шного полковника. А некоторые журналисты прямо говорили, что взрывы в Москве организовали сами сотрудники ФСБ. Мы очень сомневаемся, что это так. Но…
Путин возглавил Федеральную службу безопасности летом 1998 года, уйдя туда с должности заместителя начальника администрации президента, и сменив в должности директора ФСБ Н. Ковалёва. Позже с Ковалёвым разговривал известный политический обозреватель Леонид Млечин. Вот что он поведал в своей книге: