В 1909 г. Э. Е. Арнгольд стал судовым врачом транспорта «Вайгач» (5 апреля 1910 г., еще до прихода во Владивосток, его, как и других офицеров, официально перевели в Сибирскую флотилию) и до 1915 г. служил в составе ГЭСЛО[24]. О плаваниях в Арктике им были написаны четыре статьи, опубликованные в 1913–1915 гг.[25] Оба судовых врача экспедиции не только занимались своими прямыми обязанностями, но и проводили обширную программу естественнонаучных изысканий, результаты которых отражены в их публикациях. Об этом писал А. М. Лавров в своей рецензии на книгу «По заветному пути»:
Николаевский морской госпиталь в Кронштадте
Группа офицеров ледокольного транспорта «Вайгач».
Первый ряд (слева направо): лейтенант К. В. Ломан, капитан 2-го ранга А. В. Колчак, доктор Э. Е. Арнгольд. Второй ряд (слева направо): лейтенант Н. А. Гельшерт, лейтенант В. В. Нилендер, лейтенант Г. Л. Брусилов, лейтенант А. К. Пилкин
Еще во время зимовки, 9 февраля 1915 г., за отличие по службе Арнгольда произвели в коллежские советники. 20 октября 1915 г., после расформирования ГЭСЛО, он был уволен на четыре месяца «в отпуск по болезни внутри Империи». 26 октября 1915 г. его назначили младшим врачом 1-го Балтийского флотского экипажа.
Подробности биографии Арнгольда в период 1915–1920 гг. пока не выявлены. Но конец его жизни оказался трагическим. Он не умер от туберкулеза в Ялте 28 ноября 1920 г. (как было написано в предисловии к книге), а стал одной из жертв «красного террора», развернувшегося с небывалым масштабом и жестокостью в Крыму после того, как оттуда эвакуировались части Русской армии генерала П. Н. Врангеля и корабли Черноморского флота. 7 декабря 1920 г. чрезвычайной тройкой Крымской ударной группы управления особых отделов ВЧК при РВС Южного и Юго-Западного фронтов под председательством Чернабрывого, членов Удриса и Гунько-Горкунова главный врач морского санатория в Ялте Э. Е. Арнгольд был приговорен к расстрелу в числе 315 человек, составивших первую партию расстрелянных в Ялте в этот период[28].