Во времена правления Хрущева было создано несколько комиссий по расследованию убийства Кирова и других событий сталинского периода. Первая такая комиссия под председательством секретаря ЦК П. Н. Поспелова была создана в декабре 1955 г. с целью расследования репрессий против делегатов XVII съезда партии, состоявшегося в 1934 г. Поспелов, как считается, также составлял проект закрытого выступления Хрущева. Комиссия Поспелова занималась и расследованием убийства Кирова[196]. Она пришла к заключению, что приказ об убийстве Кирова отдал Сталин. Но этот вывод основывался на признаниях подследственных, которые они давали при расследовании дела Ягоды, обвиненного в организации данного убийства на третьем московском показательном процессе в 1938 г. Известно, однако, что эти признания были выбиты из подследственных с помощью пыток для того, чтобы сфабриковать дело против Ягоды. Таким образом, они были ненадежными; кроме того, в ходе процесса некоторые из обвиняемых (включая сюда и самого Ягоду) частично отказались от своих признаний. Таким образом, версия комиссии Поспелова была очень похожа на старую сталинскую версию 1938 г. — только теперь источником приказа об убийстве Кирова был назван не «правотроцкистский блок», а Сталин.
В апреле 1956 г., вскоре после окончания XX съезда партии, Президиум Центрального Комитета КПСС создал новую комиссию по расследованию дела Кирова на этот раз во главе с Молотовым. Ее наделили самыми широкими полномочиями; в частности, она должна была изучить и обстоятельства убийства Кирова. Деятельность комиссии Молотова является ярким примером того, как расследование убийства Кирова после XX съезда партии использовалось в политической борьбе внутри советского руководства[197]. В состав комиссии входили 9 человек, трое из которых принадлежали к числу наиболее известных «старых сталинцев» и противников Хрущева: Молотов, Каганович и Ворошилов. Шесть остальных были более молодыми членами ЦК и сторонниками Хрущева, в т. ч. Поспелов и Николай Шверник, член президиума ЦК КПСС и председатель Комиссии партийного контроля.
По всей видимости, комиссия была образована в результате компромисса. В силу своего присутствия в комиссии «сталинисты» имели возможность уйти от разоблачения в соучастии во многих преступлениях Сталина, но, т. к. они были в меньшинстве, на них было легче оказывать давление. Для Хрущева также было чрезвычайно важно, чтобы подписи этих партийных деятелей под отчетом комиссии дополнительно подтвердили бы правдивость ее выводов. Хрущев очень надеялся на то, что хотя в отчете комиссии и будут материалы, которые очень не понравятся «сталинистам» — членам комиссии, однако они, следуя старой партийной традиции вынесения единогласных решений, в любом случае поставят под отчетом свои подписи.
Первоначально комиссии не удалось прийти к согласию в формулировке новой интерпретации убийства Кирова. Молотов и его союзники настаивали на том, что данное убийство носило политический характер, и старались направить расследование на изучение того, участвовали или не участвовали в заговоре ленинградские зиновьевцы. По имеющимся данным, Молотов до последнего защищал официальную версию 1934-1935 гг. и пытался доказать, что суд над Николаевым и тринадцатью другими обвиняемыми был справедливым. Тем не менее материалы, предоставленные КГБ и Генеральной прокуратурой Советского Союза, ясно свидетельствовали о том, что Николаев действовал в одиночку, а обвинения против других «соучастников» были сфабрикованы.