После нескольких драматических противоборств с Иоанном XXIII собору удалось сместить и его. Папу обвинили в пиратстве, убийстве, изнасилованиях, содомии и инцесте (Гиббон отмечает, что «самые скандальные» обвинения были аннулированы). Затем избрали римлянина, кардинала Колонну, при восшествии на престол он получил имя Мартин V. Предыдущего папу римского вынудили уйти в отставку, а упрямого Бенедикта из Авиньона надежно изолировали. Объявили об окончании схизмы, хотя после реформы она на короткое время возродилась. Борьба за верховенство между собором и папой ожесточилась. При Мартине V Папская область была восстановлена, и материальный, если не духовный выигрыш в силе позволил папству при наследнике Мартина Евгении IV возобновить соперничество с собором в Базеле. Соперничество этих двух гигантов длилось восемнадцать лет.
Доктринальные расхождения достигли своего апогея, группировки откалывались, кандидат, претендовавший на высшую церковную должность — не кто иной, как граф Савойский — смог заплатить за свое продвижение и был избран под именем Феликса V. Одна сторона требовала реформ и ограничения папской власти, другая возражала, в результате государства и правители снова разделились. В конце концов реформаторы потерпели поражение, Феликс V ушел в отставку, а собор Базеля в 1440 году был распущен. Папство, снова итальянское, признало на бумаге верховенство собора, однако на деле именно оно обладало высшей властью. Свой успех оно отпраздновало в юбилейном 1450 году. Тем не менее папство было уже не тем, чем до схизмы и до соборов. В первом из кризисов его престиж упал, а во втором кризисе папство утратило влияние и контроль над национальными церквями. В 1438 году французский синод провел независимые реформы. «Галликанские свободы» ограничили папские налоги на французское священство. Движения и идеи, спровоцированные предыдущей церковной борьбой, неуклонно стремились к протестантизму.
Гуситские войны зарегистрировали изменения в другой сфере — началось движение, вызванное чешским национализмом и желанием отомстить за смерть Гуса. Членами этого движения были по большей части буржуа и крестьяне (некоторую поддержку им оказывали чешские аристократы), и в своей борьбе они применили новую военную тактику. У них появились боевые обозы, состоявшие из нескольких повозок, сцепленных друг с другом цепями. Повозки собирали в виде квадрата или круга и пускали с горы на наступающих всадников противника. Чешские отряды вооружались пиками, ручными самострелами и цепами, в случае удачной обороны они переходили в наступление: сняв цепи между повозками, набрасывались на врага. В 1420 году они одержали победу над армией Сигизмунда — тогда, с целью восстановления порядка, император устроил «крестовый поход» против Венгрии, Баварии и Пруссии. Чехи стреляли из пушек, поставленных внутри боевого обоза, главным своим оружием они впервые сделали самодельные ружья. К концу первого десятилетия гуситских войн уже треть армии пользовалась такими ружьями.
Будучи людьми из плоти и крови, они тревожились из-за идеологического конфликта умеренных и радикалов, поскольку этот конфликт разрушал их движение. На соборе в Базеле они тем не менее настроены были решительно и впервые принудили церковь заключить мирный договор с еретиками. Как и у швейцарцев, их армия в большинстве своем состояла из людей низкого происхождения, и они научились эффективно сражаться, потому что не гнались за славой и не были привязаны к лошадям, в отличие от рыцарей.
На протяжении 1420-1430-х годов Генрих Мореплаватель, португальский инфант и внук Иоанна Гентского, совершал ежегодные путешествия в Атлантику, исследовал Азорские острова, Мадейру и Канары, путешествовал вокруг западного побережья Африки, пока в 1433 году не обогнул большой западный мыс в поисках золота и слоновой кости. Даже если первоначальным мотивом Генриха было прославление ордена Христа, магистром которого он являлся, его побуждения и деятельность можно назвать современными. Вместе с гуманистами и учеными он оказался на мосту, соединявшем средневековье с новыми временами.