После часового перерыва работы возобновились. К величайшему сожалению археологов, мумия Тимура оказалась сильно разрушенной. Причиной разрушения были строительные работы, которые проводились рядом с мавзолеем в 1866 г., в связи с чем пришлось закрыть ближайший арык. В результате вода просочилась в мавзолей, затопив все подвальные помещения, а также и в деревянный гроб Тимура. Это было замечено, воду откачали, но попавшая в гробницу влага долго испарялась, частично разрушив мумию. Когда была поднята крышка гроба, то ворвавшийся свежий воздух мгновенно разрушил всю мумию. Частично был разрушен и череп.
Однако были ли это останки именно Тимура? Изучив кости скелета, М.М. Герасимов обнаружил повреждение коленной чашечки правой ноги и сросшиеся кости правой руки в локтевом суставе. Указательный палец правой руки был изуродован. Теперь сомнений в том, что это был действительно Тимур, не осталось, все совпадало. По рассказам современников, Тимур был хром и сухорук. Подтвердилась также еще одна легенда. Она гласила, что когда-то Тимур встретился в ущелье с неизвестными врагами, численно превосходившими его войско. По обычаю средневековья, Тимур выехал вперед для единоборства с предводителем противника. Когда бойцы понеслись друг на друга, издав боевые кличи, Тимур был поражен: мчащийся на него враг издал такой же клич, что и Тимур, боевой клич его рода!
И когда противники сошлись, Тимур узнал своего отца. Он бросил свою саблю, успев в самый последний момент схватить занесенную над своей головой саблю отца… Изучив пальцы правой руки Тимура, Герасимов определил, что рана была нанесена изнутри, со стороны ладони. Такое могло произойти только в том случае, если он сам схватил саблю рукой.
Так легенда веков оказалась историческим фактом. Но это было установлено уже после возобновления работ. А во время перерыва произошло событие поистине невероятное. Оператор Малик Каюмов, снимавший фильм об экспедиции в мавзолей Гур-Эмир, зашел пообедать в ближайшую чайхану. Сев за столик, он оказался соседом пивших чай трех старцев. Узнав, что Малик Каюмов участвует в раскопках гробниц Гур-Эмира, старцы принялись убеждать кинооператора, что работы следует немедленно прекратить: «Нельзя открывать гроб Тимура, начнется война!» — «Откуда вам известно?» — спросил Каюмов. Старики показали Каюмову толстую книгу в кожаном переплете. Книга была написана по-арабски. Малик Каюмов и подошедшие в чайхану Кари-Ниязов (руководитель экспедиции), историк Семенов и известный таджикский писатель Айни прочли указанную стариками страницу: «Нельзя тревожить прах полководца Тимура, ибо начнется война». Айни в ярости схватил палку и с оскорблениями на фарси стал выгонять стариков из чайханы. Старики встали из-за стола, ответили Айни крепкими словами и вышли из чайханы. Когда Кари-Ниязов вышел из оцепенения, охватившего его после выходки Айни, и вместе с Каюмовым и Семеновым бросился вдогонку за стариками, было уже поздно: они растворились в толпе узких улочек Самарканда.
Когда стало ясно, что найдены останки Тимура и экспедиция успешно завершена, Айни стал дико кричать от восторга. Радовались и все остальные члены экспедиции. Включив радио, они с нетерпением ожидали, когда же об их открытии объявит на весь мир Московское радио… То, что они услышали, потрясло: германские войска атаковали границы СССР по всей западной границе: от Балтийского моря до Черного. Началась война! Малик Каюмов, ныне 92-летний, вспоминает: «Мы растерялись, а Айни сидел тихо в углу, как мышь, и не говорил ни слова». Карим-Ниязов принял решение работу экспедиции прекратить, всем ее участникам вернуться в Москву. А первый секретарь ЦК КП(б) Узбекистана Усман Юсупов в гневе объявил Кари-Ниязову выговор. Сообщать об истории со стариками в Кремль никто не отважился.
Вернувшись в Москву, Каюмов написал заявление с просьбой отправить его на фронт. Он оказался в районе Ржева, где советские войска вели тяжелые оборонительные бои. Командовал группировкой советских войск Г.К. Жуков. Каюмов сумел встретиться с Г.К. Жуковым и рассказал ему историю со вскрытием гробницы Тимура. Жуков очень серьезно воспринял рассказ Каюмова. Кинооператор настоятельно просил сообщить об этом Сталину. Но осенью 1941 г. обстановка на фронтах была настолько угрожающей, что разговор со Сталиным у Жукова не состоялся — не это было главным.
С августа 1941 г. по октябрь 1942 г. останки Тимура находились в Москве, в мастерской Михаила Герасимова, которому после изучения черепа удалось восстановить в форме бюста облик завоевателя. С лета 1942 г. резко ухудшилась ситуация на южном направлении: немецко-фашистские войска заняли Крым, Ростов, вышли к Сталинграду. В октябре 1942 г. Каюмов второй раз встретился с Жуковым. Тот сообщил историю с проклятием Сталину. Сталин позвонил Усману Юсупову в Ташкент и приказал немедленно произвести захоронение останков Тимура. 28 октября Герасимов завершил свою работу и передал останки Тимура и Тимуридов в Академию наук СССР. 15 ноября Госкомиссия приняла решение о перезахоронении.