Попечение о «посадских» становится главным предметом забот отца Иоанна. «Ежедневно стал он бывать в их убогих жилищах, беседовал, утешал, ухаживал за больными и помогал им материально, раздавая все, что имел, нередко возвращаясь домой раздетым и даже без сапог. Эти кронштадтские „босяки“, „подонки общества“, которых о. Иоанн силою своей сострадательной пастырской любви опять делал людьми, возвращая им утраченный ими было человеческий образ, впервые „открыли“ святость о. Иоанна».
В сущности, в его деятельности не было ничего необычного — он поступал, как должно доброму пастырю, настоящему священнику. Но уж очень это несозвучно со временем, с закостенелостью одной части общества, с революционным подъемом другой… И опять же — «поп»! Он раздражал всех — и чиновников, и церковные власти, и, конечно, либералов и «прогрессистов»: отец Иоанн вмешивается не в свои дела; прилично ли священнику пропадать на подозрительных окраинах и возвращаться домой чуть ли не босиком. Он либо юродивый, либо честолюбец и лицемер! «Одно время епархиальное начальство воспретило даже выдавать ему на руки жалование, так как он, получив его в свои руки, все до последней копейки раздавал нищим, вызывало для объяснений».
Над ним посмеивались в обществе, потешались в печати. А вскоре открылось, что отец Иоанн обладает даром прозорливца и чудотворца: по его молитве выздоравливали больные, прозревали слепые, в засуху проливался дождь… Это окончательно уронило его во мнении здравомыслящих людей. Еще как-то можно было бы допустить, что в отдаленном прошлом творились чудеса — но в наше просвещенное время? Когда изобретены паровые машины, электрическое освещение, телефон! Когда, наконец, Дарвин установил, что человек произошел от обезьяны (это почему-то считалось самым веским доказательством того, что Бога нет)!
Но весть о протоиерее Иоанне, проповеднике и чудотворце, разнеслась по всей России. «Тысячи людей ежедневно приезжали в Кронштадт, желая видеть о. Иоанна и получать от него ту или иную помощь. Еще большее число писем и телеграмм получал он: кронштадтская почта для его переписки должна была открыть особое отделение. Вместе с письмами и телеграммами текли к о. Иоанну и огромные суммы денег на благотворительность. О размерах их можно судить только приблизительно, ибо, получая деньги, о. Иоанн тотчас же их раздавал… На эти деньги о. Иоанн ежедневно кормил тысячу нищих, устроил в Кронштадте… „Дом Трудолюбия“ со школой, церковью, мастерскими и приютом… а в Санкт-Петербурге построил женский монастырь на Карповке, в котором и был по кончине своей погребен» («Житие св. Иоанна Кронштадтского»).
Отец Иоанн постоянно бывал в Петербурге — его просили совершать молебны в учреждениях, в частных домах, навестить больных. Его окружали толпы почитателей: люди стремились получить благословение, даже просто прикоснуться к нему в надежде, что это принесет желанную помощь. Газета «Неделя» в 1885 году писала о его приездах в Петербург: «В центральной части города раз или два в день образуются огромные скопища… Из какого-нибудь дома или собора показывается священник, известный отец Иоанн. Он окружен толпою и еле движется… Его буквально рвут на части, и огромных усилий ему стоит сесть на извозчика, за которым бежит толпа без шапок…» В 1908 году отец Иоанн умер и был погребен в усыпальнице Иоанновского монастыря в Петербурге. Этот монастырь на набережной реки Карповки стал местом паломничества. По ряду свидетельств, у его гробницы происходили чудесные исцеления. Как и Ксения Петербургская, Иоанн Кронштадтский стал заступником и опорой верующих людей в самые трудные годы жизни города.
В числе почитателей Иоанна Кронштадтского были люди разной сословной принадлежности, но не интеллигенция. В чем же дело? А все в том же: он поп, более того — олицетворение всего поповского. Суть даже не в том, что деньги, стекавшиеся к нему, он тратил на милостыню, строительство монастырей и храмов, как делали лет за триста до него — но «не в наше просвещенное время». Главное — его проповеди и дневник, составившие книгу «Моя жизнь во Христе». Например, такая запись: «Церковь — собрание видящих все в истинном свете. Все люди в мире не возрождены, подвержены слепоте сердечной, но сословие мнимо-ученых и писателей чиновного мира, студенческого, женского подвержены в большинстве самой гибельной слепоте от гордого самомнения, и тем хуже, что они не сознают своей беды и увидят ее лишь тогда, когда будут умирать и когда вся жизнь покажется им как на ладони» (Иоанн Кронштадтский. «Живой колос с духовной нивы»).