Недовольные сплачивались вокруг церкви. Она еще сохраняла определенную самостоятельность, подчинялась не царю, а патриарху. Основная часть духовенства находилась в оппозиции к Петру — и он, зная это, первым нанес удар: в 1721 году царь упразднил патриаршество, заменив его Синодом — государственным учреждением, ведающим делами церкви. Возглавлял Синод обер-прокурор (каково звание!). Первым главой Синода стал митрополит Стефан Яворский, твердый приверженец Петра.
По указу царя был учрежден институт церковных фискалов: «инквизиторы» и «обер-инквизиторы». Но эти названия вызвали такой шок в церкви, в том числе и у православных «инквизиторов», что от них пришлось отказаться.
Между тем в Петербурге и во всей стране нарастало возмущение действиями фискалов. По их указке в столице ломали дома, построенные не по утвержденному образцу, арестовывали людей. Фискалы, в свою очередь, жаловались царю, что их «все лают». Соглядатаи были везде: даже к невестке царя, жене Алексея Шарлотте, приставили для этого шутиху Петра — «князь-игуменью санкт-петербургскую», пьяницу Ржевскую. По приказу отца постоянно следили и за самим царевичем.
В 1718 году в Петербурге состоялся суд над Алексеем. Он был сыном Петра от первой жены, Евдокии Лопухиной. Через несколько лет после его рождения Петр заточил жену в монастырь, а воспитание сына поручил родственницам. Затем Алексей учился в Европе. Отец, постоянно занятый делами, уделял сыну мало внимания, а тот скорее боялся его, чем любил. Так, вернувшись в Петербург из-за границы, он получил приказ Петра изготовить какие-то чертежи и, чтобы избежать экзамена грозного отца, выстрелил себе в руку.
Много лет Алексей втайне поддерживал связь со своей опальной матерью. Царь сам выбрал для сына жену — принцессу Шарлотту Брауншвейг-Вольфенбюттельскую, но семейная жизнь супругов не была счастливой. Шарлотта родила двоих детей: Петра (будущий император Петр II) и Наталью.
Отношения царевича с отцом становились все хуже, хотя Алексей старался наладить их. Петр был непримирим и нетерпим: он признавал, что сын умен, но обвинял его в слабохарактерности. В день смерти Шарлотты Алексею передали письмо отца: «Горесть меня снедает, видя тебя, наследника, на правление государственных дел непотребного. Еще же вспомяну, какого злого нрава и упрямого ты исполнен. Ибо сколь много за сие тебя бранивал, и не только бранивал, но и бивал, к тому же сколько ни говорю с тобою, но все даром… и ничего делать не хочешь, только бы в доме быть и им веселиться».
Такое вот утешение в трудный час… Педагогические методы Петра были, как видно из письма, самые незатейливые. Но почему же царь был столь непримирим к сыну?
А. С. Пушкин в «Истории Петра» называет основную причину: «Царевич был обожаем народом, который видел в нем будущего восстановителя старины. Оппозиция вся… была на его стороне. Духовенство, гонимое протестантом царем, обращало также на него все свои надежды. Петр видел в сыне препятствие настоящее и будущего разрушителя его создания».
Кроме того, с 1712 года женой царя официально стала Марта Скавронская, принявшая при переходе в православие имя Екатерины Алексеевны. В новой семье Петра к этому времени были две дочери — Анна и Елизавета, а в 1715 году родился сын Петр. Царь любил Екатерину, их сын был желанным поздним ребенком. Между тем по закону власть после смерти Петра I переходила к Алексею. Это тревожило царственных супругов.
В 1716 году царь потребовал от Алексея «исправления» или отречения от права на престол и ухода в монастырь. Тогда царевич решился на побег: он скрывался сначала в Вене, а затем в Риме. Царь использовал все средства дипломатии и сыска; его посланник П. А. Толстой сумел угрозами и обещаниями вернуть Алексея в Россию. После этого Петр I объявил, что Алексей лишается права на престол. По приказу царя его приближенные принесли присягу малолетнему царевичу Петру Петровичу как законному наследнику престола. Но пока Алексей был жив, угроза его возможного воцарения оставалась.
Царевича Алексея перевезли из Москвы в Петербург и заключили в Петропавловскую крепость. Для расследования его дела учредили Тайную канцелярию — политический застенок, еще несколько лет после этого наводивший ужас на Петербург и на всю страну. Царь много раз допрашивал сына, и тот рассказывал все, называя имена своих сторонников. Казематы крепости заполнялись людьми, арестованными по этому делу, под пытками у них вырывали признания. Ремеслом истязателя и палача не гнушался и сам царь. Затем несчастных казнили. Пытали и Алексея. «Царевич более и более на себя наговаривал, устрашенный сильным отцом и изнеможенный истязаниями» (А. С. Пушкин. «История Петра»). Никакого реального заговора не было, но в отчаянии «несчастный давал сам всему самое преступное значение». Петр присутствовал при этих пытках, задавал все новые вопросы, получая ответы «сначала твердой рукою писанными, а потом, после кнута, дрожащею».