В научной среде бытует убеждение, что пирамида, подобно многим другим захоронениям египетской знати, стала жертвой грабителей еще задолго до того, как в нее вошел Абдулла Аль Манум. Хотя, если верить свидетельствам его рабочих, гранитные камни, блокировавшие проходы, были все еще на месте, когда они вошли в могилу.
В 1638 году английский математик, Джон Грейвс, посещавший пирамиду, обнаружил узкий ход, скрытый в стене, который соединял Большую Галерею с нисходящим проходом. Оба конца его были плотно закрыты, а пол завален обломками. Некоторые археологи решили, что этот маршрут использовался последними из людей фараона, чтобы выйти из гробницы, после того как закрывающий камень будет установлен на место, и возможно, через этот проход грабители и вынесли сокровище. Но небольшой размер прохода и наличие обломков камней вызывали сомнения в том, что такое огромное количество сокровищ, включая крышку саркофага, могло быть украдено и вынесено именно этим путем.
Высказывались предположения, что пирамида никогда не использовалась в качестве гробницы, а была астрономической обсерваторией. Римский автор Прокл утверждает, что до окончания строительства пирамида использовалась именно в таком свойстве. Однако никаких подтверждающих эту версию находок тоже нет.
Другие пирамиды, как правило, совершенно не похожи на Великую ни по размерам, ни по внутреннему устройству. Однако по крайней мере часть из них действительно построена египтянами. Загадку представляет собой вообще возникновение культуры Древнего Египта. Как пишет один из египтологов, Джон Энтони Вест: «…каждая отрасль знания в Египте как будто с самого начала имела завершенный характер. В науке, изобразительном искусстве и строительной технике, в иероглифической системе — нигде не видно никаких признаков этапа развития; многие достижения первых династий так никогда и не были превзойдены…»
Чтобы больше не возвращаться к этой теме, нужно отметить, что для того, чтобы из каменоломни в Асуане, расположенной на тысячу километров южнее от пирамид, доставлять все эти каменные блоки в промышленных масштабах, потребовалась бы, как минимум, техника, созданная в двадцатом веке. Второй аспект — точность обработки блоков и тщательность их подгонки друг к другу. С помощью набора инструментов, доступного древним египтянам, это уж точно невозможно было сделать.
Третий и решающий аспект в доказательстве того, что Великая пирамида была построена не древними египтянами, состоит в том, что ее внутреннее строение явно не соответствует ни усыпальнице, ни ритуальному центру. Две шахты погребальной камеры фараона известны с семнадцатого века. Джон Гривз, профессор астрономии в Оксфорде, сообщил о существовании этих шахт после своего знаменитого обследования пирамид Гизы в 1638 году, упомянув, что северная шахта «почернела от огня факелов». В 1693 году де Майе, французский генеральный консул, тоже доложил о своем открытии шахт и сделал необычный вывод о том, что они «служили для спуска пищи и удаления мусора». Уже упомянутый Вайзе открыл, что шахты выходят наружу; это произошло в 1837 году. Он предположил, что шахта была создана для вентиляции; именно благодаря ему и его коллеге Дж. Перингу закрепилось выражение — «вентиляционная шахта», хотя их истинное назначение неизвестно.
Строители оставили нетронутыми последние 13 см блока у входа в две вентиляционные шахты в камере царицы. Поэтому факт, что они не служили для вентиляции, трудно оспорить. Только в 1872-м году Уэйнмэн Диксон, по аналогии с камерой царя, обнаружил их методом простукивания и пробился к каналу высотой 20 и шириной 23 см. Через 2 метра канал уходит под углом вверх. Братья Диксоны успели сделать в шахтах три небольших находки — единственные предметы, обнаруженные в Пирамиде Хеопса.
В марте 1993 года немецкий специалист в области робототехники, Рудольф Гантенбринк получил предложение улучшить вентиляцию пирамиды. Гантенбринк обнаружил странный факт. Обе северные вентиляционные шахты камер на своем пути упираются в Большую Галерею и, чтобы ее обойти, делают изгиб на запад.
Он запустил в шахту малогабаритного робота на гусеничном ходу, управляемого на расстоянии и снабженного мощными светильниками и телекамерами. Робот установил, что южная шахта камеры царицы на протяжении 25 метров идет практически параллельно южной шахте погребальной камеры царя, уходя выше уровня пола погребальной камеры царя на 19,5 метров. 22 марта 1993 года, в 60 метрах от начала подъема южной вентиляционной шахты камеры царицы, стены и пол шахты внезапно стали гладкими, робот вполз в проход из полированного известняка, и через 5 метров уперся и остановился.