Ровно через месяц после назначения Первым секретарем ЦК Азербайджана Алиев выступил перед партийным активом с несколько необычным — по сравнению с предшественником да и с партийными коллегами из других регионов — пессимистическим обобщением экономического и идеологического состояния республики. Оказалось, что «почти в каждой отрасли хозяйства дела плохи», министерства не справляются с возложенной на них работой, огромная часть чиновников на местах берет взятки и покрывает преступников. И докладчик тут же объявил новый курс полицейского управления: «Мы должны сорвать маску со смутьянов, клеветников, заговорщиков и карьеристов, которые наносят серьезный ущерб нашему делу. Мы должны развернуть решительную, непреклонную борьбу с имеющимися у нас случаями взяточничества и искоренить условия, которые к этому ведут».
Так начались азербайджанские чистки — царство террора по всей республике. Поначалу они велись по случайным «локальным» гнездам, но постепенно объекты укрупнились, и непрерывная полоса увольнений началась уже на министерском уровне. Так, ушел на вынужденную пенсию министр промышленного строительства, и всего через два месяца уволен министр здравоохранения по довольно серьезному обвинению «в фальсификации отчетов, неудовлетворительной организации здравоохранения и низком уровне медицинского обслуживания». Демонстрируя суровую неподкупность, Алиев снимает с работы министра внутренних дел, близкого своего сотрудника в те дни, когда сам возглавлял параллельное ведомство — КГБ, а вместе с ним увольняет и обоих его заместителей, полностью обновив, таким образом, руководство министерства.
После семи месяцев непрерывных чисток на всех уровнях азербайджанского руководства Алиев, наконец, приближается вплотную к центральному органу партии — республиканскому Бюро. Если вспомнить старую священную эмблематику Комитета Госбезопасности — щит и меч партии, то в случае с генералом КГБ Алиевым, как позднее — с грузином Шеварднадзе и еще позднее — с начальником секретной службы СССР Юрием Андроповым, КГБ перестал быть щитом, а меч обратил против тех, кого призван защищать, — державных партократов.
Алиев смещает сразу несколько членов Бюро ЦК Азербайджана, включая председателя Совета Министров республики и партийного секретаря Баку. В это время, по собственному его признанию, возникает «скрытое сопротивление» крутым полицейским мерам на самом высоком партийном уровне, и, чтобы сразу, одним махом, покончить с крамолой, он немедленно расширяет зону партийных чисток до районных и городских уровней, где прежде всего снимает с должностей первых секретарей, зачастую вместе со всеми их заместителями и ближайшими сотрудниками. Фактически за полтора года Алиев полностью обновил партийное и государственное руководство республики, заменяя освободившиеся посты «своими людьми», обычно около 50 лет, главным образом — сотрудниками азербайджанского КГБ. Они представляли новое поколение и, что более важно, новый тип руководителей — циничных, честолюбивых. И полностью лояльных Алиеву, а через него — Андропову.
Алиев ввел совершенно новый — открытый стиль правления. Борьбу с коррупцией, сопровождаемую немедленными увольнениями крупных партийных чиновников, а часто и арестами, он вынес на всеобщее республиканское обозрение. К бесконечным чисткам была подключена пресса. Партийно-правительственная газета «Бакинский рабочий» регулярно сообщала о случаях взяточничества, расхищения государственной собственности, о подпольных частных заводах, о кумовстве среди партийного руководства и о соответствующих наказаниях, вплоть до смертной казни, которая вошла в обиход повседневной жизни республики.
Так разоблачалась и выносилась на открытый народный суд «красная буржуазия» Азербайджана. Так получали оправдание — за прошлое и на будущее — крутые полицейские меры по разоблачению и наказанию правонарушителей. Так резко сократилось расстояние между человеком и государством, между тюрьмой и домом, между жизнью и смертью: никто не был застрахован ни большими деньгами, ни высоким постом от разоблачения и наказания.