Морской бой при Ян-Майене, названный так по имени острова в Северном море, находящегося северо-западнее от поля боя, был закончен. На британских кораблях были убиты 1474 офицера, унтер-офицера и матроса, только 45 человек были спасены позже. Группа «Глориес» имела, по крайней мере, тот успех, что оттянула немецкие линкоры от конвоев, стоящих севернее, прежде всего от находившегося сначала под угрозой «Девоншира», который во время боя стоял в 100 морских милях западнее «Глориеса». Благодаря попаданию в «Шарнхорст» была чувствительно ослаблена боевая сила немецкой группы в решающие последующие дни. «Гнейзенау» выполнил 175 выстрелов, «Шарнхорст» – 212 выстрелов, израсходовав боеприпасы калибра 28 см, оба корабля выполнили в целом 1448 выстрелов боеприпасами калибра 15 см, ведя огонь по эсминцам. Последующие намерения командующего флотом зависели от состояния «Шарнхорста».
В 19 часов 17 минут начали марш на Тронхейм со скоростью 19 морских миль. Между тем личный состав заделывал пробоины на «Шарнхорсте», непрерывно работая в холодной воде, смешанной с топливом, чтобы устранить опасность для корабля. В течение последующих дней удалось удалить из корабля 700 кубических метров воды. Если бы адмирал Маршалль имел при себе еще «Хиппер» и эсминцы, то он поручил бы последним сопровождать «Шарнхорст» и мог бы с «Гнейзенау» и «Хиппером» продолжать операцию. Правда, и сейчас командующий флотом все еще не был информирован о положении в морском районе у Нарвика. Поступившего в 23 часа 30 минут донесения авиаразведки было совершенно недостаточно для оперативного принятия решения. Сначала командующий флотом оставил за собой право отказаться при необходимости от входа в Тронхейм. Так как боевую готовность «Шарнхорста» нельзя было восстановить временными средствами, напрашивался перевод в сопровождении флота в родную верфь. Однако это означало бы срыв операции, в то время как для «Гнейзенау» с «Хиппером» и эсминцами из Тронхейма существовала возможность для ее продолжения. Таково было мнение командования морской группы «Запад», которое отдало приказ флоту войти в Тронхейм. Адмирал Маршалль также оценил оперативную ситуацию как благоприятную, тем более что в английской фоторадиограмме ничего не бросалось в глаза. Ни присутствие немецких линкоров, ни уничтожение конвоя и «Глориеса» не были известны противнику до первой половины дня 9 июня.
В этот день «Гнейзенау» и «Шарнхорст» без особых инцидентов вошли в Тронхейм и около 16 часов стали там на якорь. В первой половине дня командование морской группы «Запад» отдало радиограммой распоряжение, чтобы «Шарнхорст» в сопровождении торпедных катеров «Грейф» и «Кондор» возвращался на родину, как только будут готовы две машины и позволит оперативная ситуация. Поэтому на «Шарнхорсте» немедленно начались все мероприятия для быстрого ввода в эксплуатацию центральной машины и заделки пробоины, причем плавучая мастерская «Хуаскаран» оказала превосходную помощь. 10 июня в 9 часов командующий флотом, после дозаправки топливом и пополнения боеприпасов, вышел с «Гнейзенау», «Хиппером» и четырьмя эсминцами для продолжения операции в Северном море. Основанием для новой операции служили поступившие во второй половине дня 9 июня радиограммы командования морской группы «Запад». Вырисовывалась следующая картина: в морском районе западнее Харстада – Лофотенских островов находилось несколько конвоев с эсминцами, шедших курсом на юго-запад, при одной группе – один крейсер, шедший южным курсом. Теперь, наконец, было также подтверждено, что разминирование Харстада и Нарвика шло в течение нескольких дней. Отягчающим обстоятельством было то, что 9 июня около 9 часов в британское адмиралтейство поступили первые донесения об операции немецких линкоров в Северном море, кроме того, несколько поспешно, служба сообщений германского вермахта 9 июня в 13 часов дала подробное сообщение о ней с названием участвующих вооруженных сил, вопреки предупреждениям командующего флотом и предложению отказаться от этого.