После этого с разницей в две недели основная масса войск (150 тысяч) пересекает Канал на плоскодонках между Гавром и Остенде. Ответственными за создание и подготовку операции назначаются лучшие адмиралы — Латуш-Тревиль и Этьен Эсташ де Брюи. Последний прибыл в Булонь в июле 1803 года, где развил активную деятельность по созданию кораблей и экипажей. Он разрабатывал инструкции по погрузке и выгрузке, в глубине гавани проводились постоянные учения по высадке десанта (в июле 1805 года благодаря постоянным учениям погрузка и разгрузка со штатной канонерки длятся не более 2 часов), попутно строились казармы для моряков и солдат.
Дабы не случилось эксцессов по подобию рейда Нельсона на Булонь в 1801 году, особое значение предается защите портов вторжения. В Гавре, Остенде, Кале, Дюнкерке создаются береговые батареи 24-фунтовых орудий, готовые отбить любые набеги англичан.
Но подход Бонапарта к проблеме ничем не отличался от подхода обычного сухопутного генерала к форсированию большой реки. Из письма первого консула военному министру Бертье от 21 августа 1803 года:
На это Бонапарту указывают в своих письмах и Латуш-Тревиль, и Брюи. Чтобы хоть как-то снять эту проблему, Наполеон предлагает разместить на канонерках и прамах мини-кузницы, чтобы в случае атаки британских кораблей вести по ним огонь раскаленными ядрами. Идея не столько оригинальная, сколько глупая — в среднем для разогрева одного ядра до красного цвета требуется порядка двух часов, таким образом, флотилия сможет вести такими ядрами огонь раз в полчаса максимум (если будет их разогревать не до конца).
Тем не менее уже 22 августа 1803 года Бонапарт пишет детальные расчеты по погрузке солдат на суда. Согласно его письму, на одну канонерскую лодку (или баржу) должно загружаться 25 солдат, 50 моряков или морских пехотинцев, 5 офицеров. Кроме того, 30 ружей, 27 гранат, 12 000 пуль, 1500 кремней для ружей, 5 сабель, 1200 галет, 1100 рационов водки (55 литров), 8 котелков для приготовления пищи, 8 бидонов. Каждый солдат должен иметь 30 патронов, 3 запасных кремня, воды, еды и овса (последнее — для лошадей) на пять дней.
Под Булонью был разбит гигантский лагерь примерно на 50 тысяч солдат: казармы, провиантские склады, арсенал. Командовали войсками генералы Суше, Сульт, Удино. Распорядок дня Булонского лагеря был жесточайшим образом регламентирован самим первым консулом и адмиралом Брюи. Подъем солдаты осуществляли в 4 утра. С 5.30 до 6.00 проводились учения по посадке на суда. В армию был брошен клич: