Но помимо плюсов план имел и довольно крупные минусы. Во-первых, надо было точно рассчитать время готовности Армады и собрать войска в Дюнкерке. Во-вторых, было ясно, что голландский флот будет блокировать испанские порты во Фландрии
[28], соответственно, надо было как-то снять блокаду. В третьих, районы Дюнкерка и Остенде изобиловали мелями и песчаными барами, что ограничивало большие испанские корабли в маневре и возможностях подхода к берегу. В тех водах плоскодонные голландские и английские суда имели преимущество в противодействии высадке и действию около берега. Кроме того, как Фарнезе надеялся подготовить к отплытию 100–200 судов в абсолютной тайне, чтобы об этом не узнали голландцы и англичане? И даже если б это и удалось — каким образом можно было заранее просчитать погоду для высадки, ведь малые плоскодонные суда имеют ограниченную мореходность? Филипп II, прочитав письмо фламандского наместника, собственноручно начертал на нем:Летом 1586 года священник и ученый Бернардино де Эскаланте, друг Филиппа II, составил меморандум с различными стратегическими альтернативами нападения на Англию. Всего их было три:
Все три сами по себе были признаны опасными, поэтому Эскаланте предложил совместить два последних варианта. Предполагалось, что крупная эскадра доберется до ирландского моря, где установит опорный пункт высадкой либо в Ирландии (Уотерфорд), либо в Уэльсе (Мэлфорт или Хейвен). Пока англичане будут заниматься отражением этого десанта (а планировалась высадка не менее чем тридцати тысяч человек), Фарнезе быстро переправится через Ла-Манш со своими ветеранами, высадится в Эссексе и ударит по Лондону (план предполагал еще один возможный этап, политический, в зависимости от конкретных успехов этого двойного десанта, — смещение Елизаветы). Филипп немного модифицировал план — первый десант высадится в Ирландии, флот также останется у пролива Святого Георга, оттягивая на себя английские морские силы в течение как минимум двух месяцев, а по прошествии этого времени неожиданно перебазируется в Ла-Манш и возьмет пролив под контроль (каким образом — неизвестно). Тогда, и только тогда, Фарнезе осуществит форсирование Па-де-Кале и высадку. Это добавление вызвало в конце концов резкую критику со стороны Фарнезе. В октябре 1586 года герцог написал Филиппу длинное письмо, в котором недвусмысленно указывал на недостатки предлагаемой двухмесячной задержки между двумя нападениями. И хотя король проявил явное нежелание модифицировать свой план, все же его уверенность была поколеблена. В последующем послании герцог вполне резонно раскритиковал также элемент, касающийся высадки в Ирландии. Наконец, после многомесячного обсуждения, Филипп смирился. В июне 1587 года был отброшен вариант с Ирландией, а в сентябре план принял окончательную форму — Армада направляется в Ла-Манш, там встречается с Пармой и защищает его переправу.
Испанский король предложил Фарнезе и Базану (которого уже назначили начальником экспедиции) новые соображения: генерал-капитан берет на борт небольшое (4000 пехоты и 3000 кавалерии) количество войск. Задача Армады — очистить Канал от вражеских кораблей и обеспечить высадку первого эшелона в Англии, которым будет командовать сам де Базан. Далее флот идет в Дюнкерк и грузит второй и третий эшелоны войск, которые уже состоят из фламандских ветеранов. Флотом и войсками в дальнейшем командует Фарнезе.