Трудармейцы, оказавшиеся на объектах НКВД, размещались отдельно от заключённых в специально созданных для них лагерных пунктах. Из них формировались рабочие отряды по производственному принципу численностью 1,5–2 тыс. человек. Отряды подразделялись на колонны по 300–500 человек, колонны – на бригады по 35–100 человек каждая. В наркоматах угольной, нефтяной промышленности и др. формировались рабочие (шахтные) отряды, участковые колонны, сменные отделения и бригады по производственному принципу. Во главе отрядов стояли работники НКВД – «чекисты-лагерники», бригадирами, мастерами назначались специалисты вольнонаёмного состава. Однако, в порядке исключения, бригадиром мог стать и немец-трудармеец, если он был соответствующим специалистом и не числился в «чёрных списках» начальства как неблагонадёжный. В каждый отряд назначался политрук для проведения политико-воспитательной работы.
На предприятиях Наркомугля во главе отряда ставились заведующие шахтами. На производстве мобилизованные немцы обязаны были беспрекословно выполнять все распоряжения главного инженера, начальника участка, мастера-десятника. В качестве начальников колонн, горных мастеров и бригадиров разрешалось использование немцев из числа «наиболее подготовленных и проверенных». Для обеспечения режима труда и содержания рабочих колонн, установленного распорядка дня, дисциплины на производстве и в быту на каждую шахту назначался заместитель заведующего шахтой – начальника отряда из работников НКВД. Заведующий шахтой – начальник отряда и его заместитель обязаны были организовывать непрерывное наблюдение за поведением мобилизованных немцев, не допускать и пресекать «в корне всякого рода проявления массового сопротивления установленному режиму, саботажа, диверсий и других антисоветских выступлений, выявлять и разоблачать профашистские элементы, отказчиков, лодырей и дезорганизаторов производства». Схожая система управления трудармейцами применялась и в других гражданских наркоматах.
Несколько в лучшем положении по режиму содержания находились рабочие колонны при предприятиях других наркоматов. Там иногда допускалось нарушение инструкций, выражавшееся в том, что «зоны» не создавались и трудармейцы могли жить более свободно (иногда даже на квартирах у местного населения). Интересен приказ наркома угольной промышленности от 29 апреля 1943 года. В нём отмечаются нарушения режима содержания на ряде шахт Кузбасса. «Так, на шахте имени Ворошилова и имени Калинина бараки, в которых расселены немцы, не ограждены, вооружённая охрана в зонах не организована, на шахте Бабаевская треста «Куйбышевуголь» более 40 человек расселены на частных квартирах». Как отмечалось далее в приказе, на подавляющем большинстве шахт немцы ходили в сопровождении работников управления спецотряда только на работу, обратно возвращались без сопровождения и охраны. Приём и передача трудармейцев под расписку не производились. Приказ требовал от управляющих трестами и заведующих шахтами к 5 мая 1943 года огородить все общежития и бараки, в которых размещались мобилизованные немцы, и установить вооружённую охрану, прекратить выдачу увольнительных, переселить всех проживающих на частных квартирах в «зоны».
Для профилактики возможных побегов трудармейцев власти ужесточали режим содержания, широко практиковалось проведение обысков. Начальникам лагерей предписывалось не реже двух раз в месяц проводить тщательный осмотр всех помещений лагеря, где содержались мобилизованные немцы. Одновременно с этим проводился осмотр и проверка личных вещей, во время которого изымались запрещённые к пользованию предметы. Запрещалось хранить холодное и огнестрельное оружие, все виды алкогольных напитков, наркотические вещества, игральные карты, документы, удостоверяющие личность, военно-топографические карты, планы местности, карты районов и областей, фото– и радиоаппаратуру, бинокли, компасы. Виновные в хранении запрещённых предметов привлекались к ответственности. С октября 1942 года периодичность проверок и личного обыска немцев была увеличена до одного раза в месяц. Но теперь при обнаружении запрещённых вещей в казарме, палатке или бараке к ответственности привлекались, кроме виновных, также дневальные и командиры подразделений, в помещении которых обнаруживали эти вещи.