Сразу же остро встала проблема о том, кого считать польскими гражданами, подлежащими призыву в эту армию? По этому вопросу возникли противоречия между советской и польской сторонами. Польская сторона считала таковыми всех жителей Польши в границах до 31 августа 1939 года. Но советская сторона была не согласна с этим. На основании Указа Президиума Верховного Совета СССР о гражданстве от 29 ноября 1939 года все бывшие польские граждане, находившиеся на территории западных областей Украины и Белоруссии к моменту вхождения этих областей в состав СССР 1–2 ноября 1939 года, считались гражданами Советского Союза.
Но на этот раз советские власти должны были отступить. Было решено сделать изъятие из Указа и считать гражданами Польской Республики всех поляков – жителей областей Западной Белоруссии и Западной Украины, включенных в состав СССР в 1939 году.
Районы формирования частей и соединений польской армии были намечены в Саратовской и Оренбургской областях, в Татищевском и Тоцком лагерях. Штаб армии было решено разместить в городе Бузулуке. Так как советское руководство было очень заинтересовано в создании этой армии, то заседания совместной комиссии следовали одно за другим, а протоколы визировались непосредственно И.В. Сталиным или В.М. Молотовым.
Однако полного доверия полякам со стороны советского руководства не было. Поэтому за всем личным составом формируемой армии, особенно за ее командованием, был установлен политический контроль. К каждому польскому полку и дивизии, помимо офицера связи Красной Армии, был прикреплен и офицер связи от органов НКВД. Заместителем уполномоченного Верховного Главнокомандования Красной Армии по формированию польской армии был назначен майор госбезопасности Г.С. Жуков. Впоследствии, в 1942 году, он стал уполномоченным Ставки Верховного Главнокомандования и комиссаром госбезопасности 3-го ранга.
Темпы формирования армии Андерса были достаточно высокими. Уже по состоянию на 29 августа 1941 года в ее ряды было призвано и зачислено 8,6 тыс. человек, на 31 августа – более 20,7 тыс., на 25 октября 1941 года – 41,5 тыс. солдат и офицеров. Польский посол в Москве С. Кот докладывал в Лондон, что «советские военные власти… на практике полностью идут навстречу польским требованиям, отдавая войску солдат, мобилизованных уже в Красную Армию на землях восточной Польши».
Снабжение и обеспечение польской армии всем необходимым устанавливалось по существующим для Красной Армии нормам. В то же время острой и сложной проблемой стал вопрос с вооружением польских частей. Советская сторона брала на себя обязательство предоставить вооружение, снаряжение, обмундирование, автомашины и пр. для польской армии из собственных запасов в меру возможности, рассчитывая, что польская сторона договорится о соответствующих поставках и с другими союзниками. Но таких возможностей практически не было, так как в то время на советско-германском фронте решался вопрос о судьбе страны, и фронт требовал бесперебойного снабжения оружием, боеприпасами, которых катастрофически не хватало. Поэтому вопрос о вооружении польской армии приобретал не столько военный, сколько политический характер.
Тем не менее командование польской армии, несмотря на проблему с вооружением, постоянно добивалось не предусмотренного соглашением увеличения ее численности, формирования все новых и новых соединений. В начале октября 1941 года генерал В. Андерс обратился к советскому правительству с просьбой сформировать новые дивизии, в том числе две в Узбекистане. Об этом же ходатайствовал и польский посол С. Кот.
К тому времени Разведывательное управление Генерального штаба через свои каналы установило, что члены польского правительства, находящиеся в эмиграции в Лондоне, начали строить определенные политические планы с учетом нахождения на территории СССР армии Андерса. Поэтому Генеральный штаб РККА в лице его начальника Маршала Советского Союза Б.М. Шапошникова всячески убеждал И.В. Сталина несколько повременить с созданием этого объединения.
«Я хорошо знаю поляков еще по временам империалистической войны, – говорил Шапошников. – Тогда с виду все они были лояльными к России, некоторые выглядели даже откровенными патриотами. Но как только ситуация менялась, настроения этих людей также изменялись самым коренным образом. В самое короткое время они стали не только откровенными националистами, но и врагами России. В 1919 и 1920 гг. мы в полной мере почувствовали это».
В итоге было решено не блокировать этот процесс, но объяснить полякам, что единственным препятствием для формирования новых дивизий, как и прежде, является отсутствие вооружения, а также трудности с продовольственным снабжением в СССР.
Но сами поляки, подгоняемые Лондоном, не желали считаться с данными доводами. Так, посол Польши в Москве С. Кот немедленно сообщил в Лондон, а также послам США и Великобритании в СССР, что Советский Союз не хочет, чтобы на его территории была создана крупная польская армия.