В 1648 г., во время освободительной войны против польско-шляхетского гнета в Белоруссии и на Украине, казаки Б. Хмельницкого, в числе которых было немало белорусских крестьян, полностью разрушили Брест, сравняв его с «полем равно». Уцелевшее докончили в декабре 1648 г. королевские наемные солдаты, которые вновь заняли город. В результате этих событий Брест и его укрепления, которые считались «воротами Великого княжества Литовского в Корону» и на которых зиждилась «сила всей Речи Посполитой», пришли в такое состояние, что Варшавский сейм принял в 1654 г. специальную декларацию о срочном восстановлении укреплений. Жители были освобождены от общественных налогов. Деньги шли с Брестской королевской экономии. Отсюда же набирали людей для военно-фортификационных работ из расчета одна неделя работы владельца земли с одной волоки. Все жители, без исключения, включая и духовных, привлекались к этому строительству. Руководил фортификационными работами специально присланный королем инженер. За счет доходов от Брестской экономии закупалась для замка и вся амуниция.
В условиях разгоревшейся русско-польской войны, в которой участвовала и Швеция, строительство укреплений в Бресте шло медленно. В конце октября — начале ноября 1655 г. с «ратными людьми ишовши к Бресте» под городом были русские воеводы С. А. Урусов и Ю. Борятинский. Однако до взятия города дело не дошло. Для этого не хватило сил.
Летом 1657 г. объединенное войско шведского короля Августа и Семиградского князя Ракоши, осадив Брест, добилось успеха. Причиной тому была измена наемной немецкой пехоты. В условиях осады немцы «своровали… Бресть сдали и сами… остались у короля шведского, а осталось де их 1700 человек». По другим сведениям, противник овладел городом «через трактат», т. е. заставив гарнизон сдаться на определенных условиях. В честь этой сомнительной победы была вырезана специальная гравюра, на которой изображена сцена осады Бреста, снабженная соответствующим комментарием.
Нам представляется, что на гравюре изображена не реальная плановая ситуация Бреста и его укреплений, а, вероятно, попавший в руки шведов проект строительства нового, но так и не законченного комплекса фортификационных сооружений города. Их частичное возведение продолжалось в 1658 г. после того, как Брест удалось снова вернуть. Это произошло благодаря операции, разработанной гетманом Павлом Сапегой. 12 июля 1657 г. он приказал М. Радзивиллу, подчашему Великого княжества Литовского, набрать и возглавить отряд добровольцев для неожиданного нападения и захвата Брестской фортеции. Там, судя по достоверным сведениям, находился гарнизон численностью не более 600 человек из войска Семиградского князя Ракоши. Гарнизон возглавлял престарелый комендант Гонди. Операцию по захвату замка готовили в обстановке секретности. П. Сапега приказал все тщательно разведать и, выбрав нужное время, «учинить эксперимент: спешив людей, подобраться как можно тише, …чтобы никто и пера не уронил», а затем атаковать укрепления, захватив противника врасплох. Пушки было приказано не зарывать, а ставить для стрельбы прямой наводкой.
Операция удалась. 20 августа о ней говорилось уже как о свершившейся. Гетман личным письмом поблагодарил М. Радзивилла и его отряд, состоявший из «обывателей Брестского воеводства», как от своей «персоны, так и от всей Речи Посполитой за совершенный труд… при отобрании Бреста, за что все Отечество должно отплатить… благодарностью».
Судя по документам, гарнизон сдался отряду на условиях каких-то «пунктов». 15 сентября 1657 г. П. Сапега обратил внимание М. Радзивилла на слишком поспешный прием Брестской фортеции и выпуск из города гарнизона во главе с комендантом Гонди. В результате в замке не досчитались 11 пушек. П. Сапега приказал задержать семиградцев для выяснения вопроса и забрать у них часть пушек.