Мысль об организации «Великого посольства», возможно, была подсказана царю именно Лефортом. Формально он возглавлял его, но фактически всё руководство находилось в руках опытного дипломата Ф. А. Головина. Роль Лефорта была чисто представительной и сводилась главным образом к переводу речей царя. Однако пышностью свиты и обстановки он превосходил других послов. Его брат Яков Лефорт писал из Амстердама: «Всё подается на серебре… Обедает у генерала ежедневно от девяти до двенадцати человек. У него три французских повара». Во время поездки царя в Англию Лефорт часто, иногда по нескольку раз в день, писал Петру. Его письма, написанные по-русски, но латинскими буквами, не затрагивали серьёзных тем. Царский любимец сетовал на разлуку с государем, жаловался на плохое вино, выражал беспокойство по поводу отсутствия известий из Англии. Например: «Господин коммандёр! Ад твоя милость не бевали письме ис Англески земля. Пужалест, пиши нам про своя здорова и как вы веселити; а я радусь буду, если вам доброй».
Во время стрелецкого восстания 1698 года Лефорт вместе с Петром возвратился в Россию. Едва ли он принимал непосредственное участие в подавлении восстания и казни стрельцов (есть информация, что он даже отказался рубить головы мятежникам). Скорее всего он занимался оборудованием своего великолепного дворца, построенного в его отсутствие на деньги царя. Но недолго пришлось царскому фавориту веселиться в новом прекрасном дворце. 12 февраля 1699 года было отпраздновано новоселье с участием трёхсот гостей, 23 февраля Лефорт заболел горячкой, а 2 марта скончался. Узнав о его смерти, Петр воскликнул: «На кого мне теперь положиться? Он один был верен мне!».
Верному соратнику государя были устроены пышные похороны. Есть свидетельство, что Петр хотел поставить ему памятник в Александро-Невском монастыре в Петербурге (как и другим своим приближённым). Но это намерение не было осуществлено, а впоследствии и сама могила Лефорта затерялась
. В XIX веке останки Лефорта были перезахоронены на Введенском кладбище в Москве.Статья «Лефорт, Франц Яковлевич»
Фёдор Алексеевич Головин (1650 — 30 июля (10 августа) 1706) — русский дипломат и государственный деятель, генерал-фельдмаршал, генерал-адмирал (1700), граф (1702).
Был государственным канцлером, президентом Посольских дел, начальником Военно-морского приказа, главой Оружейной, Золотой и Серебряной палат, наместником Сибирским, управляющим Монетным двором, Ямским приказом, графом Римской империи.