В конце декабря 1939 г. Москва и Берлин подписали соглашение, согласно которому часть польских беженцев могла возвратиться к своим местам проживания. Вследствие этого к концу июня следующего года в Генерал-Губернаторство и на земли, включенные в состав Рейха, возвратилось 66 тыс. человек, в том числе 3 200 лиц германского происхождения (беженцев и лиц, которые не успели выехать в период переселения немецких жителей в декабре 1939 — январе 1940 гг.), а также, несмотря на тщательную селекцию, 1600 евреев. Среди оставшихся была также часть украинского населения.
На рубеже 1939–1940 гг. десятки тысяч беженцев, прежде всего евреев и поляков, а также местных безработных, преимущественно украинцев, выехали в Донбасс и другие промышленные центры СССР в поисках работы. На протяжении четвертого квартала в 11 областей Украины прибыло 32 755 беженцев и около 15 тыс. безработных из западноукраинских территорий. По национальному составу это была далеко не однородная масса. В Черниговской области среди расселенных насчитывалось: украинцев — 3 418, евреев — 208, поляков — 153, русских — 171, белорусов — 10. В Николаевской, соответственно, среди 1239 лиц евреев — 978, украинцев — 138, поляков — 109. В Станиславской среди 4586 лиц евреев — 2 793, украинцев — 1 072, поляков — 647. Похожей была структура расселения беженцев и безработных и в других областях УССР. Значительная часть их из-за тяжелых условий работы возвратилась назад в Восточную Галицию. Известны случаи возвращения и тех беженцев, которые были направлены на работу на Урал.
Секретный протокол к «Советско-германскому договору о дружбе и границе» от 28 сентября 1939 г. предусматривал депортацию населения из пограничной полосы. 2 марта 1940 г. решением Политбюро ЦК ВКП(б) «Об охране госграницы в западных областях УССР и БССР» была определена 800 метровая полоса вдоль западного и юго-западного участка государственной границы СССР, а постановление Совнаркома УССР и ЦК КП(б)У «Об отселении и переселении с 800-метровой пограничной полосы в западных областях УССР и очищение этой полосы от строений» от 3 апреля этого же года обязывало областные партийные и исполнительные комитеты Волынской, Львовской, Дрогобыческой, Станиславской и Тернопольской областей на протяжении апреля-мая выселить из 229 населенных пунктов 22 212 семей общей численностью 102 800 лиц. Характерно, что в постановлении было указано: отселение с 800-метровой пограничной полосы жителей городов Друя, Друскеники, Новогруд, Устилуг, Сокаль, Угнув, Перемышль, Лиско, Куты и Залещики осуществить по материалам НКВД УССР, т. е. как ненадежных лиц или государственных преступников.
13 февраля 1940 г. СНК УССР принял постановление о выселении сел, отведенных под Львовский артполигон, сооружение которого началось уже в конце 1939 г. Выселялись села Михалейки, Верещица, Березаки, Заязд Яновского района; Пашица, Шкурханка, Щабельня, Юрки (Южки), Провала, Пасека, Голубцы, Горбовцы, Гутиско, Хитрейки Жовковського района; Басюки, Тишики, Полине, Рики, Тистечки, Геры, Курники, хутора Мельники, Шипки, Юнины, Худецкий, Хуки, Клепаров, Порциев, Вербляны Немировского района. Отсюда в разные времена, в том числе и после войны, было выселено свыше 150 тыс. жителей из 128 сел и хуторов. Из них 13–16 тыс. лиц, в том числе от одной пятой до одной третьей поляков и от двух третьих до четырех пятых украинцев в 1940–1941 гг. принудительно было переселено даже в Бессарабию.
Осуществляя «социалистические преобразования» в Западной Украине, большевистский режим использовал опыт, приобретенный в Восточной Украине и в других республиках СССР. Вместе с тем, как справедливо заметил Ю. Сливка, этот процесс имел свои особенности, обусловленные в первую очередь тем, что гигантский репрессивный аппарат осуществлял в крае весь ужасающий комплекс мероприятий по ликвидации демократических основ общества не за десятилетие, как это было во всем государстве, а, фактически, за один год. Кроме того, рассматривая этот регион как прифронтовую зону и будущий тыл в следующей экспансии в страны Центральной и Западной Европы, советские органы наряду с массовыми арестами и расстрелами в особенно широких масштабах применяли метод принудительной депортации, тотального очищения территории Западной Украины, из которой уже продолжительное время создавался образ форпоста украинского буржуазного национализма, от неблагонадежного социально-политического элемента как украинского, так и польского, и еврейского. В историографии встречаются различные данные относительно количества депортированных из Западной Украины в 1939–1941 гг. Часть авторов придерживается мнения, согласно которому тогда из Западной Украины и Западной Белоруссии было выселено приблизительно 10 % их населения.