Название города происходит от имени галльского племени, населявшего регион. Звалось оно «Лексовии» (Lexovii), что дословно переводилось как «Босоногие». Во время Столетней войны Лизье попало под английское владычество, а после ее окончания Лизье перешел под юрисдикцию епископства Руана, оставаясь сосредоточием власти. В XIV веке чума, голод и войны разрушили город, он утратил свое влияние. Когда Генрих Наваррский еще только собирался стать Генрихом IV Французским, он занимался завоеванием своего будущего королевства. И Лизье оказался самым простым для осады городом – при виде подступающего Наваррца гарнизон города просто бежал, поэтому Генрих смог взять Лизье без боя.
Любимец французов, Генрих IV (1553-1610) стал французским королем по воле смертельно раненного Генриха III Валуа, положившего начало династии Бурбонов. Воспитанный отцом-католиком и матерью-протестанткой, Генрих с завидной легкостью менял вероисповедание. Его знаменитая фраза при вступлении на трон Франции («Париж стоит мессы») является, скорее всего, лишь исторической байкой. Однако именно эти многочисленные переходы, искренние в своей циничности, стали в итоге причиной смерти короля – он был убит фанатиком-католиком на улице Парижа. Дважды женился. Первой женой стала Маргарита Валуа, дочь французского короля Генриха II. Свадебные торжества послужили приманкой для гугенотов. Результатом явилась резня католиками гугенотов – «Варфоломеевская ночь». Брак с Маргаритой остался бездетным, на основании чего Генриху удалось получить развод и жениться вторично – на итальянке Марии Медичи, исключительно ради наследника, поскольку его постоянная фаворитка Габриель д'Эстре, к сожалению, была недостаточно знатна. Мария Медичи родила мужу двоих сыновей, однако отношения между супругами были весьма прохладны – королева не отличалась привлекательностью и живостью характера, король же остался ловеласом, меняя любовниц по настроению. И любят Генриха именно за его живой характер настоящего француза, хотя в свое царствование король совершил немало славных дел на благо страны: завершил религиозные войны, расширил границы королевства за счет присоединения к нему крупных феодальных владений, а также Андорру, целенаправленно трудился на экономический подъем страны, обратил свой взор и за океан – при нем начинается колонизация Канады. Сын Генриха стал Людовиком XIII, старшая дочь Елизавета – королевой Испании, другая дочь – английской королевой.
О жизни Генриха повествует также дилогия Генриха Манна – «Молодые годы короля Генриха IV», «Зрелые годы короля Генриха IV». Манн не стремился к портретному сходству с историческим героем, но лишь попытался создать образ короля, бывшего с народом одной крови.
Французская революция еще и закрыло епископство, окончательно снизив значение Лизье на карте французской истории. Лишь в 1855 году епископство воссоздается, однако оно делит свою власть с аналогичной структурой в Байе.