Результатами переговоров были Регенсбургский интерим и декрет сейма от 29 июля 1541 г., в которых император доходит до последних пределов уступчивости протестантам своим обращением к папе с увещанием «установить христианский порядок и реформацию», а протестантам дает подтверждение действительности Нюрнбергского мирного договора. Но давая эти обещания, император не имел намерения их исполнить, потому что в то же время возобновил союз против протестантов.
Несмотря на это, Римско-католическая церковь в Германии неудержимо шла к упадку. Все новые и новые правители, светские и духовные, вступали на путь реформы. Протестантизм все более и более упрочивал свои позиции. С одной стороны, права, данные Нюрнбергским миром, продолжали действовать, с другой – Шмалькальденский союз превратился в могущественную протестантскую организацию. В первой половине сороковых годов протестанты постоянно шли от победы к победе. Они даже нашли возможным в 1542 г. выгнать из страны старого противника протестантизма Генриха Брауншвейгского и распространить свое влияние на города Гослар и Брауншвейг.
Император Карл V из-за своего тяжелого политического положения вынужден был считаться с таким победоносным распространением протестантизма в его империи. Он придерживался внутри империи миролюбивой политики, а на сейме в Шпейере в 1544 г. предоставил протестантам такие широкие гарантии, что вызвал даже резкое осуждение своей уступчивости папой Павлом III. Однако именно с этого года император начинает готовиться к решительной войне с протестантизмом.
В это время он победоносно закончил четвертую войну с Францией, заключил с ней умеренный мир, но поставил непременным его условием совместную борьбу с вероотступниками. Таким образом, успокаивая в Германии подозрения протестантов обещанием общих реформ если не на Соборе, то непременно на национальном сейме, за что протестанты помогли ему против Франции, он во Франции обеспечил себе союзника против немецких еретиков.
Уже в 1544 г. война с Шмалькальденским союзом была для императора вопросом решенным, и только начало ее было вопросом времени. 1545 г. прошел в бесплодных попытках прийти к полюбовному примирению. Несогласия обеих сторон усилились, однако не до того, что война стала неизбежной.
Кроме многих опасных признаков и тревожных случаев, знаменательно было и то, что на новом сейме в Вормсе в мае 1545 г. больше не было и речи об исполнении шпейерских обещаний.
Между тем 18 февраля 1546 г. умер Лютер.
20 июля 1546 г. в виде объявления войны император Карл V послал в Германию декрет, которым объявлялась опала немецким протестантским князьям. Одновременно из Италии и Нидерландов двинулись войска императора. Весной 1547 г. император одержал полную победу над Шмалькальденским союзом.
После одержания победы Карл V приказал выработать такую формулу веры, которая должна была согласовать старое и новое вероисповедание и соединить протестантов и католиков. Такой формулой явился Аугсбургский интерим 1548 г.
Протестантизм развился в Германии вполне самостоятельно, не только без содействия государственных властей, но даже наперекор им. Он был делом народной совести, а не произведением внешней власти и потому не мог быть переделан каким-либо императорским указом. Аугсбургский интерим 1548 г. и явился таким указом. В нем протестантам были сделаны уступки в учении об оправдании и других отдельных пунктах, но в вопросах церковного устройства, иерархии и объема епископской власти не было сделано никаких изменений. Когда интерим встретил на своем пути сопротивление, власти стали прибегать к насилию. Однако попытки восстановить единство Германской Церкви с помощью интерима и испанских воинов кончились неудачей.
После этого император Карл V все больше и больше начинает склоняться к мысли подчинить протестантов с помощью Собора: они должны были возвратиться в лоно старой Церкви, а потом он своим влиянием хотел дать Собору такое направление, которое привело бы к сносному для обеих сторон соглашению.
Собор открылся 13 декабря 1545 г. в Триденте. Первыми предметами обсуждения были: авторитет Священного Писания и Священного Предания, право толкования того и другого, учение об оправдании. Это были вопросы, в которых старое и новое учение расходилось всего непримиримее. Нельзя было найти различий более резких, чем те, которые заключались в них. Сравнительно с этим все остальное было неважно.
Император хотел привлечь протестантов мягкими мерами, но папа сразу же предал их анафеме и после этого в 1547 г. большую часть заседаний Собора стал проводить в Болонье. Император объявил протест и заявил, что все постановления, сделанные в Болонье, не будут иметь силы. Так произошел разрыв между духовной и светской властью. Эта ссора облегчила положение протестантов.
В 1547 г. был созван имперский сейм в Аугсбурге, который не сделал никаких постановлений против протестантизма, но все же положение его было тяжелым.