Своим влиянием Кальвин обеспечивал то содействие гражданской власти, какое она, по его носящей теократический характер теории, должна оказывать Церкви: как установлению, одинаково назначенному служить исполнению воли Божией, заставлять людей, каждая в сфере своих отношений, подчиняться Божественному закону. Заблуждение в вере или грех с этой точки зрения являлись преступлением Божественного закона, блюстителем которого обязана быть и светская власть, поэтому на ней лежит долг отомщать преступникам. С таким теократическим идеалом Кальвин фактически стоял во главе женевского населения, успев осуществить до известной степени образец теократического государства. Исключительное положение его как диктатора основывалось единственно на его нравственном авторитете, на том влиянии, какое производила в нем его строгая, законченная система мировоззрения, его твердое убеждение в истинности своих взглядов. С внешней стороны он оставался простым проповедником и до 1559 г. не имел даже и прав гражданина, следовательно, не мог участвовать и в общем собрании граждан. Это господствующее положение он занял не сразу и удерживал не без борьбы, а должен был вынести продолжительное и сильное сопротивление со стороны религиозных и политических противников, пока наконец его железной энергии не удалось восторжествовать над врагами в 1555 г., после чего его авторитет духовного главы и влияние на гражданскую и государственную жизнь стояли уже непоколебимо до самой его смерти 27 мая 1564 г.
С неумолимой строгостью относился Кальвин не только к очищению нравов населения, но и церковного богослужения. Все, что пленяло и занимало чувства, было устранено, благочестивое настроение духа должно было отрешиться от всего земного, богослужение должно было состоять только в назидании посредством слова и в простом духовном пении. Все прочее, что еще удержано было Лютером из древней церковной внешней обрядности – алтари, образа, церемонии и всякого рода украшения, было уничтожено. Однако все средства, которыми пользовалась средневековая Церковь, чтобы удержать верующих в повиновении (крещение, воспитание, конфирмация, епитимии, отлучение и некоторые другие), он удержал и в своей Церкви. Само собой разумеется, что в ней не было посвящения в священство, а число Таинств он сократил до двух.
Труды Кальвина в Женеве и, в частности, энергия и настойчивость, с которой он поддерживал дисциплину, не пропали даром. Выдержавшая многолетний суровый режим, Женева стала неузнаваема. Из распущенного торгового города она сделалась образцом упорядоченной и честной городской общины с высоким уровнем нравственности и материальным благосостоянием, вызывавшими удивление у некальвинистов. Посетивший Женеву в начале XVII в. лютеранский богослов Валентин Андреэ с величайшей похвалой описывает очаровавшее его нравственное благоустройство республики и с грустью сознается, что ничего подобного нет у лютеран.
Особенное значение имело учреждение Кальвином в 1559 г. академии. Он понимал огромное влияние в деле религии воспитания и заботился о христианском обучении молодежи с первых же шагов своей деятельности в Женеве. Осуществить вполне свои планы ему удалось, однако, только в конце своей жизни, когда удаление из Лозанны учителей местной школы освободило нужный персонал и дало возможность основать высшую школу в Женеве – реформатскую академию. Она представляла собой коллегию, то есть низшее и среднее учебное заведение, где в семи классах преподавались французский, латинский и греческий языки и логика, и университетский курс с кафедрами еврейского и греческого языков и философии или искусств. Сам Кальвин, как и поставленный во главе академии Теодор Беза, преподавали богословие, объясняя главным образом Священное Писание. Основание академии явилось завершением и венцом реформаторского дела Кальвина в Женеве, последним шагом к осуществлению его идеала христианской республики. Женева сделалась благодаря этому не только местом проповеди чистого учения и образцом церковной дисциплины, но и умственным центром для всего протестантского мира. Академия стала высшей школой всей реформатской Церкви и рассадником деятелей Реформации во всех Церквах. В нее стекались протестанты из Франции, Англии, Шотландии, Нидерландов, воспитывались здесь, проникались ревностью к делу Евангелия и возвращались на родину твердыми борцами за веру, распространяя взгляды Кальвина. «Нам присылают дерево, – говорит Кальвин, – а мы делаем из него стрелы и пускаем обратно к врагам».