С восшествием на престол королевы Елизаветы I (1558– 1603) Англиканская Церковь была восстановлена. Были приняты новый «Акт о супрематии» и «Тридцать девять статей» – изложение англиканского вероучения, сохраняющее свою силу и в настоящее время, а также издана новая «Книга гомилий» (1571). Выработка доктринальных положений велась в острой полемике между сторонниками умеренной государственной церковности в том виде, в котором она существовала при Генрихе VIII и Эдуарде VI, и богословами, попавшими в годы эмиграции под сильное влияние кальвинизма и видевшими идеал церковного устройства в независимых кальвинистских общинах. При Елизавете I был окончательно сформирован компромиссный доктринальный облик Англиканской Церкви – выбран срединный путь (via media) между католичеством и протестантизмом. Однако это не удовлетворяло как английских католиков, так и пуритан – сторонников радикальной реформы Церкви. Репрессивное законодательство против католиков, выработанное в 70–90-х годах XVI в., обязывало их посещать англиканское богослужение под страхом штрафов и тюремного заключения. Католики лишались права занимать государственные должности, поскольку это было связано с присягой правящему монарху как главе Церкви, а также не могли получать ученые степени в университетах. Почти одновременно, в 1571 г., Елизавета I издала антипуританский акт «О некоторых беспорядках в отношении священнослужителей». Пуритане в это время перешли к критике официальной Церкви – главными ее объектами были епископат, церковная иерархия и чрезмерная пышность богослужения. В пуританском движении наметилось разделение на умеренное пресвитерианское и радикальное индепендентское, или конгрегационалистское. Не выказывая открытого неповиновения властям, пуританские проповедники сохраняли видимость принадлежности к Англиканской Церкви, нелегально совершая при этом богослужение по «женевскому» кальвинистскому молитвеннику, нарушая предписания «Книги общих молитв». Для борьбы с подспудно распространявшимся пуританизмом был использован особый суд
Отделившись от господствующей Церкви, одни из пуритан учредили церковную организацию, управляемую выборными пресвитерами, отчего они стали называться пресвитерианами, другие пошли еще дальше. Считая пресвитерианство недостаточно радикальным, представители крайнего пуританства – конгрегационалисты, или индепенденты, отвергли пресвитерианское устройство и провозгласили полную самостоятельность отдельных общин (конгрегации) не только в вопросах управления, но и в вопросах веры. За пределами общины не должно быть для верующего никаких авторитетов, никакой власти.
До XVII в., при Елизавете Тюдор, оппозиция пуритан носила чисто религиозный характер. Положение изменилось в XVII в. при Стюартах, когда религиозная оппозиция соединилась с политической. Пуритане стали борцами за политическую свободу. Церковные представления их были перенесены на политическую почву и обратились в конституционные и республиканские теории; не допуская королевского верховенства в церковных делах, они боролись против абсолютизма в государстве.
При восшествии на престол короля Якова I Стюарта (1603–1625) они вручили ему так называемую «Тысячную петицию» (то есть подписанную тысячей священников) с жалобами на притеснения кальвинистских проповедников и лишение их бенефиций, с критикой «Книги общих молитв» и англиканского духовенства. Король созвал конференцию представителей пуритан и англиканских епископов во дворце Хэмптон-Корт и обещал провести реформы. Однако если в богословском плане шотландец Яков I вполне разделял кальвинистские взгляды, то политические претензии пресвитериан на независимость от государственной власти были для него неприемлемы. В критике епископата и иерархической структуры Англиканской Церкви он видел подрыв его авторитета как главы Церкви. Обещания монарха при отсутствии реальных реформ вызвали разочарование пуритан: группа наиболее радикальных проповедников, открыто заявив о своем неприятии «Книги общих молитв» и незаконности церковных установлений, эмигрировала в Нидерланды, но большая часть пуритан пресвитерианского толка осталась в Англии. При Якове I были изданы Свод канонов (Code of Canons, 1604) и новый перевод Библии, получившей название Библии короля Якова, или Дозволенной версии (Authorised Version, 1611).
В конце XVII в. богословская полемика утратила остроту. Для умонастроений англиканского духовенства рубежа XVII–XVIII вв. характерен латитудинарианизм – относительное безразличие к спорам о доктринальных вопросах, принципах организации Церкви и литургической практике, толерантность и стремление к единству различных направлений внутри Англиканской Церкви.