В стране создалось необычное положение. Японские войска, не сдавшиеся еще союзникам, так как некому было сдаваться, не отрицали за Индонезией права на независимость и никаких действий, направленных на свержение правительства Сукарно, не предпринимали. В то же время японская полиция и армия в конце августа — начале сентября продолжали вести борьбу со штабом «Ментенг 31» и радикальными антияпонскими группами, арестовывая известных своими левыми взглядами индонезийцев — например, были арестованы коммунисты Айдит и Лукман. Таким образом, фактически японская администрация расчищала дорогу умеренным буржуазным элементам в индонезийском руководстве, сотрудничавшим с японцами все военные годы. Со своей стороны, правительство Индонезии продолжало вести себя сдержанно по отношению к японской администрации, но приняло принципиально важную резолюцию от 29 августа, в которой говорилось, что господство Нидерландов над Индонезией завершилось 9 марта 1942 г., так как нидерландское правительство оказалось неспособным обеспечить безопасность и благосостояние индонезийского народа.
Штаб «Ментенг 31» и связанные с ним политические и профсоюзные организации опирались на отряды ПЕТА, охваченные стремлением скорее изгнать из страны всех иностранцев. В сентябре 1945 г. в различных частях Индонезии вспыхивали бои между японскими и индонезийскими войсками. Вся железнодорожная сеть перешла в руки мощного левого союза железнодорожников, который собственноручно разоружил японскую транспортную полицию. Опасаясь, что левые силы придут к власти, Сукарно попытался подчинить их своему влиянию, объявив о создании в стране единой Национальной партии Индонезии с самим собой во главе. Но обстановка не благоприятствовала президенту, и единая партия распалась, просуществовав чуть больше недели. Для политической жизни страны был характерен обратный процесс оформления и дробления различных партий.
Провозглашение независимости Индонезии создало неожиданный и неприятный для западных союзников прецедент. Так как английские войска были заняты подготовкой к высадке в Сингапуре и боевыми действиями в Восточной Бирме, немедленный десант в Индонезии был малореален. Конечно, Сингапур и Малайя для англичан были куда более важной и нужной целью, чем голландские владения. К тому же, хотя формально Южная армия маршала Тераути капитулировала, реакция японцев в Индонезии была непредсказуемой: английское командование уже сталкивалось со случаями, когда японские части даже по получении приказа о капитуляции продолжали сопротивление.
Не имея возможности ввести свои войска в страну немедленно, лорд Маунтбеттен счел за лучшее послать маршалу Тераути телеграмму, в которой возлагал ответственность за поддержание порядка в Индонезии до прихода туда союзных войск на японские войска. Одновременно Маунтбеттен направил в индонезийскую столицу миссию адмирала Петерсона, которая должна была проследить, чтобы японцы не капитулировали перед «самозванцами». Прибыв в Джакарту 15 сентября на крейсере «Кэмберленд», Петерсон, к своему удивлению, обнаружил, что Республика Индонезия уже существует, причем не только в Джакарте, но и в провинциях, где действует гражданская администрация. Созданы министерства и ведомства и даже гражданская полиция.
Адмирала Петерсона больше всего волновала судьба Сурабаи — крупнейшей морской базы и порта, нормальная работа которого была необходима для беспрепятственной высадки английских войск. Однако заставить японский гарнизон Сурабаи продержаться до подхода англичан не удалось: японцы наотрез отказывались сражаться и к концу сентября сдались индонезийским отрядам. Английское командование сделало выговор японскому коменданту, но Сурабаю этим, разумеется, вернуть не удалось.
29 сентября первый английский десант наконец высадился в Джакарте. Десант был невелик и не имел полномочий бороться с индонезийцами. Его командир генерал-лейтенант Кристисон сделал официальное заявление, что десант прибыл для того, чтобы разоружить японцев. В то же время Кристисон от имени Великобритании признал правительство Индонезии де-факто. Сукарно, выступая 2 октября, обратился к индонезийцам с просьбой сохранять спокойствие. Если цели англичан таковы, как официально объявлено, то индонезийское правительство им препятствовать не будет.
Но все было не так просто. Петерсон все еще оставался на Яве. По должности он был выше генерала Кристисона и дезавуировал его, заявив, что признание Кристисона не означает признания правительства в Джакарте Великобританией. Он добавил, что английские войска будут поддерживать в стране порядок до тех пор, пока не начнет функционировать законное правительство Нидерландской Индии.
4 октября до Джакарты наконец добрался ван Моок и занял губернаторский дворец. В тот же день с новой партией английских десантников прибыли и первые голландские части, переброшенные из Европы. Для голландских и английских солдат все было просто: индонезийцы, захватившие власть, сотрудничали во время войны с японцами, теперь тех и других необходимо разоружить.