Из всех стран Восточной Европы именно Польша представляла для Сталина максимальный интерес — и в силу своего геополитического положения, и в силу исторических предпосылок. Кроме того, лояльная власть означала сохранение отторгнутых в 1939 году земель в составе СССР. Было тут, несомненно, и что-то личное: Верховный Главнокомандующий никогда не забывал позорного похода на Варшаву в 1920-м.
Вопрос о включении Польши в зону советского влияния был обозначен Сталиным на Ялтинской конференции в числе ключевых. Вопреки сопротивлению Черчилля, поддерживавшего, ясно, лондонское эмигрантское правительство, своего он в итоге добился.
Когда уже стало очевидно, что Красная Армия скоро подойдет к польским границам, в Москве из лояльных СССР коммунистов и социалистов было создано альтернативное лондонскому правительство — Польский комитет народного освобождения (ПКНО). ПКНО предстояло взять власть на советских штыках: очень скоро Серову предстоит стать здесь уполномоченным НКВД и помочь новому режиму закрепиться.
Однако ни лондонское правительство, ни его польское подполье власть ПКНО не признавали. Противоречия особенно вспыхнули после освобождения бывших польских земель, отобранных СССР в 1939-м, которые лондонское правительство продолжало считать своими. Начались столкновения между соединениями Армии Крайовой (АК) с советскими войсками, партизанами и частями прокоммунистической Армией Людовой.
Подпольные отряды АК (на пике могущества они достигали 300 тыс. чел.) в подавляющем большинстве не вливались в новую польскую армию ПКНО («Армия Людова»), Оставаясь в тылу Красной Армии, они создавали серьезную угрозу, поскольку их главной задачей являлась «борьба за восстановление государства с оружием в руках». Именно эту угрозу Серову и было поручено устранить.
Впервые он возвращается к польским проблемам в июле 1944-го; Сталин направляет его в освобожденный накануне Вильнюс-Вильно для наведения порядка в прифронтовой полосе. Серов стал первым, кто повел организованную борьбу с отрядами Армии Крайовой, перейдя таким образом рубикон; вчерашние союзники официально стали врагами.
Всю осень 1944-го и зиму 1945-го Серов продолжает заниматься делами польскими как представитель НКВД при новом польском правительстве и его министерстве общественной безопасности. Под его руководством здесь ведется борьба с агентурой противника и лондонским подпольем, формируется новая «братская» спецслужба.