Возбужденное состояние промышленников вылилось в 1809 г. в заговор против правителя колоний Баранова, заговор, душой которого явился один из ссыльных компанейских служащих Надлавков, сплотивший вокруг себя ряд единомышленников, выработавших план убийства Баранова и бегства на компанейских судах, нагруженных товарами и припасами, на Сандвичевы, а затем Ландронские или Марианские острова для поселения. Заговор был раскрыт благодаря предательству одного из участников — поляка Лещинского, заговорщики арестованы и преданы суду, несмотря на попытки компанейского комиссионера Хлебникова замять дело, чтобы не были вскрыты и не получили огласки темные стороны колониального управления.
Еще в более тяжелом положении, по сравнению с русскими промышленниками, находилось местное туземное население — алеуты. Основную массу среди них составляли так называемые каюры — служащие компании и получающие от нее содержание. Молодые мужчины обязаны были составлять партии для ловли морских котов; старики — для ловли морских птиц-еврашек; женщины — шить платье для компанейских кладовых. За работу они получали совершенно ничтожную плату от компании, «что она за труды их положить заблагорассудит», в виде бисера, иголок, табаку и других «европейских мелочей». Товары же и инструменты из компанейских лавок продавались по чересчур высоким ценам.
Очевидцы указывают на невозможные условия быта алеутов («смрад и заразительная нечистота жилищ», представляющих из себя сараи «подобно стойлам в конюшнях»), на опасности которым подвергались во время бобрового промысла промышленники, отправляясь морем в лодках на далекое расстояние, причем они «нередко поглощались волнами со своими утлыми байдарами».
Если для получения мехов с алеутов Российско-Американская компания пользуется принудительным трудом последних, то с американскими индейцами она вступает в «добровольные торговые отношения, однако, эта торговля принимает явно грабительские формы, преследуя лишь односторонние компанейские выгоды. Меха выменивались у индейцев за разные безделушки: бисер, лоскутки цветных материй, колечки, сережки, топоры, гвозди, на началах самого неприкрытого вымогательства и обмана туземцев. В этом обмане «гвоздь почитался вещью дорогою, а нож и топор драгоценностью, даже бисер ходил по большой цене». «Сей торг есть самый выгодный для компании», — замечает один из современников.
Но в этих своих спекуляциях компанейские дельцы очень скоро наткнулись на серьезного соперника в виде иностранного торгового капитала. Проникавшие к северо-западному побережью Америки иностранцы (английские и американские купцы — Астор, Беннет, Пигот, Добелло, Дэвис, Эббете, Хант, Гарднер и др.) сразу поняли всю выгоду непосредственных торговых сношений с туземцами и завязав скупку мехов по более высоким ценам, подорвали русскую торговлю. В результате иностранной конкуренции, Русско-американская компания не могла уже «выменивать бобра, стоившего в России двести и триста рублей, на пятикопеечный гвоздь или дюжину листов черкесского табаку». Торговая политика иностранцев, при расчетах с туземцами «не жадничавших и не льстившихся надеждою нажить миллионы», но тем не менее получавших большие барыши от продажи мехов в Кантоне, а затем от обратного вывоза из Китая в Европу чая, слишком серьезно била по хозяйственной системе Российско-Американской компании, рассчитанной на непосредственный грабеж, но неспособной к длительному существованию.
Компания терпела и иного рода ущерб от проникновения в ее колонии иностранцев. Последние снабжали туземцев порохом, огнестрельным оружием и даже пушками, «явно с намерением употреблять сии орудия против россиян».
Тем не менее, стремясь, с одной стороны, к вытеснению иностранного капитала, компания, с другой, была вынуждена обращаться к его услугам, так как колонии, не имея собственного земледельческого хозяйства, нуждались в хлебе и других припасах, а также в оборудовании, и все это услужливо доставлялось на иностранных судах.
Практиковавшаяся подвозка припасов из метрополии в колонии сухим путем до Охотска, а уже затем морем, была слишком невыгодна. Поэтому компания усиленно изыскивает другие пути к разрешению вопросов о колониальном снабжении. С этой целью организуется в 1803 году первая морская экспедиция в колонии, отправляется посольство в Японию для заведения торговых сношений, делается попытка завести факторию на Сандвичевых островах и обосноваться в Калифорнии, где на берегах Нового Альбиона в 1812 г. была основана земледельческая колония Росс. Эту же цель преследовало и предоставление ряду американцев за необходимые для колонии товары — меховых промыслов, которые они иногда тут же перепродавали в Охотске, нанося ущерб русской торговле.