Ответной мерой правительства на действия студентов стали новые правила для университетов, принятые в мае 1861 года, — с запрещением студенческих объединений, отменой бесплатного обучения неимущих, увеличением платы за обучение. Осенью, вернувшись после каникул в Петербургский университет, студенты оказались перед его закрытыми дверями. Большая демонстрация отправилась от здания Двенадцати коллегий на Колокольную улицу, где жил попечитель университета. Чам ее встретили полицейские и солдаты во главе с полицмейстером и военным губернатором Петербурга. Попечитель обещал студентам, что занятия возобновятся. Однако правительство усмотрело в этой демонстрации опасность и приняло решительные меры. Ночью начались аресты студентов. А наутро возле Двенадцати коллегий собралась еще большая толпа.
Солдаты и полиция окружили ее и доставили студентов в Петропавловскую крепость. Конечно, не обошлось без рукоприкладства. За несколько часов в крепость прибыло более трехсот арестованных. Часть из них пришлось отправить в Кронштадт — в казематах крепости не хватило места. Без суда и следствия студентов несколько месяцев продержали под арестом. Однажды ночью на воротах крепости появилась надпись: «Императорский Петербургский университет». В декабре 1861 года студенты были освобождены.
Произвол власти имел роковые последствия: 1861 год положил начало многочисленным студенческим волнениям. Постепенно общество разделилось на два лагеря: сочувствовавших решительным действиям молодежи и осуждавших их. Слово «студенты» перестало означать просто учащиеся; оно подразумевало особый тип молодых людей, к которым окружающие относились по-разному: «Особенно пугали студенты, не носившие больше форменной одежды и любившие во всей своей наружности выражать независимость, а то и близость к народу. Многие и действительно происходили из низов, из среды, только тогда начинавшей стремиться к просвещению. Типичными чертами такого студенческого образа была широкополая мятая шляпа, длинные неопрятные волосы, всклокоченная нечесаная борода, иногда красная рубаха под сюртуком и непременно плед, положенный поверх изношенного пальто, а то и прямо на сюртук. Нередко лицо студентов было украшено очками, и часто эти очки были темными... Под пару студентам были курсистки — явление для того времени новое и носившее довольно вызывающий характер. Для типичной курсистки полагалась маленькая шапочка, кое-как напяленная, неряшливо под нее запрятанные, непременно остриженные волосы, папироска во рту, иногда тоже плед, сравнительно короткая юбка, а главное — специфически вызывающий вид, который должен был выражать торжество принципа женской эмансипации. К тому же под студентов и курсисток гримировалась и вообще вся „передовая” молодежь, а быть не передовым считалось позорным... Это была мода дня!» — писал в воспоминаниях А. Н. Бенуа.
Студенты держались обособленными кружками, были завсегдатаями библиотек, кофеен, где за скромным завтраком можно было прочесть свежие газеты, журналы.
Самый популярный журнал у молодежи шестидесятых годов — «Современник». Издателем его был Н. А. Некрасов, критический отдел с 1856 года вел магистр Петербургского университета Н. Г. Чернышевский. Очень скоро он стал «властителем дум» молодежи. Радикальный критик российской жизни, убежденный в необходимости крестьянской революции, «мужиков с дубьем» (уже после отмены крепостного права!), Чернышевский наполнял свои статьи злободневными политическими намеками, пространными рассуждениями о прогрессе, общественной пользе искусства и т. д. Он был изрядно образован и категоричен в своих оценках, смело (но нередко поверхностно) рассуждал об истории и культуре. Обаяние сухого, прагматического мышления Чернышевского, видимо, навеки утрачено для потомков, но не то было в 60—70-е годы. Молодые современники боготворили его: «Повсюду, в столице и провинции, всего более в ходу „Современник”, Чернышевский производит фурор»; «его мы знали наизусть, его именем клялись, как магометанин клянется Магометом, пророком Аллаха».
После ареста и освобождения студентов в конце 1861 года в столице царила тревожная атмосфера. И в правых, и в левых кругах были уверены, что это только начало событий. Примечательно, что во время студенческих волнений у молодежи уже возникла мысль о терроре. В одном из кружков обсуждалась такая идея: «...тремстам человекам надо отправиться в Царское Село, напасть на дворец и захватить наследника; затем телеграфировать царю: он должен тотчас же дать конституцию или пожертвовать наследником». План едва ли осуществимый, но какова идея обмена жизни наследника на конституцию!