Его жизнь переломилась весной 1929 года, после ареста по делу религиозно-философского кружка «Воскресенье», созданного в 1917 году философом А. А. Мейером. Мейер собрал круг людей, веривших в возможность соединения социализма с христианством; «нас всех объединяло одно имя — „Христос”», — вспоминал Анциферов. Собрания кружка проходили в квартире архитектора К. А. Половцевой или в домике на Малом проспекте, куда «приходившие приносили несколько поленьев, и, когда трещал огонь в печках, становилось уютно и создавалось особое чувство близости». Кто-нибудь из собравшихся предлагал тему, и начиналось ее обсуждение по кругу; Анциферов запомнил несколько тем бесед: «Патриотизм и интернационализм», «Взаимосвязь понятий свобода, равенство и братство», «Товарищество и дружба». Кружок «Воскресенье» просуществовал до конца 1928 года, его посещали ученые, литераторы, художники, со временем собрания приобретали все большую религиозную окраску. Анциферов отошел от «Воскресенья» в начале 20-х годов, но при встречах с его участниками на «тропинках, проложенных человеческими судьбами в лесу нашей эпохи, я всегда был рад вспомнить наши встречи, наши беседы, наши вечера», — писал он. Тропинки сошлись в апреле 1929 года, когда Н. П. Анциферов был арестован как участник кружка, объявленного ОГПУ антисоветской организацией. Это было трагическое для него время — умирала от туберкулеза его жена Таня. Этот союз двух незаурядных людей был скреплен любовью, единомыслием и сотворчеством, у них были годы счастья и общее горе — в 1919 году за месяц умерли двое детей Анциферовых. В 1921 году родился сын Сергей (Светик), в 1924-м — дочь Таня, и, оказавшись в тюрьме, Николай Павлович мучился мыслью о том, что ждет его семью. Ему несколько ночей снился один сон: он видел себя в своей комнате, вместе с женой и детьми. «Вы все думаете о доме. Вот Господь и послал вам утешение, во сне душой побывать дома», — сказал ему священник, сосед по камере. Божественное милосердие подтвердилось настоящим чудом: Николая Павловича на несколько часов выпустили из тюрьмы, повидаться с семьей. В сопровождении чекиста он приехал в Детское Село, и его спутник вызвался погулять, пока Николай Павлович побудет с семьей. Тогда он в последний раз видел свою Таню, и радость встречи смешалась с болью. «Времени я не сознавал. Время исчезло. Так отступает волна, добежав до берега, чтобы снова нахлынуть». Пришли дети, друзья принесли сирень, но уже пора было расставаться. Он сказал: «Прощайте», а Таня отозвалась: «До свидания», и в ее голосе звучало: «Верь — до свидания». И вот он опять в тюрьме, и только букет сирени в камере остался свидетельством чуда. В июле 1929 года участникам кружка Мейера объявили приговоры, Анциферова осудили на три года концлагеря, отправили на Соловки, и они с Мейером встретились в тюремном вагоне поезда, идущего на север. «Кончилась жизнь. Теперь начинается житие», — сказал Александр Мейер.
Через год Анциферова снова привезли в Ленинград, на новое следствие. Соловецкий год был страшен: он получил известие о смерти жены, в лагере от сыпного тифа умерли его друзья, и сам он был на волосок от гибели. На Соловках Николая Павловича обвинили в участии во внутрилагерном заговоре, и он оказался в камере смертников с чекистами из соловецкого начальства — в лагерях шла смена «персонала». Каждую ночь кого-то вызывали на расстрел; наконец вызвали его, но вместо расстрела перевели в другой барак и вскоре отправили в Ленинград, где шло следствие по «академическому делу». Все повторялось: опять Дом предварительного заключения, только людей в нем заметно прибавилось, и снова допрашивал следователь Стромин. Но год назад Анциферова допрашивали как «рядового» участника кружка Мейера, а теперь от его показаний ждали многого. По сценарию О ГПУ во «Всенародный союз борьбы за возрождение свободной России» входило руководство Центрального бюро краеведения (ЦКБ), научным сотрудником которого был Анциферов, и его показания должны были подтвердить этот вымысел. За «признание» ему было обещано смягчение прежнего приговора и скорое освобождение.