Безусловно, имеются научные доводы против повсеместного слепого использования принципа невмешательства в заповедниках. Многие экологи, в частности Ю.А. Исаков, рассматривают его (данный принцип) как один из возможных факторов деградации природных комплексов в заповедниках.
Экологов более всего тревожит возможность разрушения или обеднения наиболее ценных, с их точки зрения, природных комплексов и объектов, выпадение из ценозов редких видов, замена их нежелательными, но более активными «вселенцами» извне. Действительно, будучи в большинстве случаев лишь небольшими клочками весьма относительно сохраненной природы среди огромных преобразованных человеком пространств, заповедники, предоставленные сами себе, рискуют утратить не только качества эталонности, но и своей ценности как резерватов флоры и фауны. Реальность такой угрозы невозможно оспаривать, однако неверно, с нашей точки зрения, подменять понятие эталона природы признаками красоты и обилия.
Многие экологи не учитывают условность представлений о неприкосновенности заповедников. Они не могут быть уже ни при каких обстоятельствах и никакими усилиями изолированы от влияния деятельности человека, ставшей, как известно, реальной «геологической силой». Человек оказывает химическое, радиационное, промышленное воздействие на любые участки планеты. Многие виды загрязнения окружающей природной среды сказываются в глобальных масштабах и безусловно затрагивают заповедные участки, так же как и последствия крупных гидростроительных или мелиоративно-осушительных работ. Да и весь климат планеты сейчас испытывает антропогенное воздействие (Будыко, 1977; Никитин, Новиков, 1980; и др.).
Тем не менее прибегать к специальным вмешательствам в заповедниках сплошь и рядом означает (по образному выражению Н.Ф. Реймерса) «гнуть стрелку барометра в желаемую сторону». Суть и цель заповедности не в том, чтобы сохранить все богатства, все разнообразие живой природы (это цель всей системы особо охраняемых природных территорий), а прежде всего – в сохранении самой возможности сравнивать освоенные территории с нетронутыми. В ряде случаев, когда на чашу весов поставлена судьба уникальных объектов и грозит исчезновение невосполнимого природного фонда, возникает необходимость отказа от заповедности с допущением того или иного хозяйственного вмешательства, но тогда это будет уже не заповедник в классическом понимании, а иная категория охраняемых участков (резерват генофонда, заказник и т. д.). По существу, именно такой путь предлагается, например, в одной из последних работ А.А. Насимовича (1979) для Хоперского заповедника. В целях сохранения выхухоли рекомендуется, в частности,