Из крупных зверей днем чаще других можно встретить небольшого чернохвостого оленя, которых в парке около 700 голов[2]
и по опушкам благородного американского оленя — вапити, который когда-то был очень редок, а теперь их около 9 тыс. и они стали трудной проблемой для парка. В северо-западной части парка не редкость и встреча с лосями; их сейчас здесь около 700 голов. На горе Уошберн можно наблюдать за горными баранами, но для этого лучше приехать сюда рано утром. Чаще утром или вечером можно видеть древесного дикобраза.Хищников, за исключением медведя, увидеть трудно, хотя в Йеллоустоне и обитают пума, рысь, красная лисица, американская куница и даже росомаха. Пожалуй, лишь койот нередко шныряет в сумерках иногда у самых палаток или машин. Волка в парке давно уже нет. В каньоне р. Йеллоустон еще сохранилась скопа, и замечательная ловкость, с которой она выхватывает из воды форель или сига, приковывает зрителей.
Озеро Йеллоустон встречает калифорнийскими чайками, много здесь крякв и уток-каменушек. Гнездятся большие голубые цапли, низко летают на побережье американские болотные луни
В результате Служба национальных парков США с 1968 г. провела ряд мероприятий в отношении медведей. Так, было ликвидировано большинство открытых свалок, а мусор и пищевые отбросы сжигались. Одновременно пойманных и обездвиженных медведей перевозили и выпускали вдали от свалок и туристских центров. В Йеллоустоне таким путем за 10 лет было перемещено 145 гризли.
Однако эти меры не дали ожидаемых результатов. Перемещенные звери возвращались обратно, иногда по нескольку раз. Многие медведи отыскивали оставленные свалки или голодные собирались у кемпингов и других мест скопления людей, представляя здесь еще большую опасность для человека. Новое правило, согласно которому медведь, приблизившийся к человеку более одного раза, подлежит отстрелу, может за короткое время уничтожить всех гризли Йеллоустона, поскольку большинство медведей привыкли существовать за счет подачек и пищевых отбросов. Очевидно, все эти меры должны проводиться постепенно, чтобы медведи смогли возвратиться к естественным кормам, на что потребуется несколько лет. Одновременно необходимо повысить требовательность к поведению посетителей, огородив кемпинги, полностью ликвидировать свалки.
Другая проблема Йеллоустонского парка — излишне высокая численность оленя-вапити, которая в связи с отсутствием волков уже в 30-х годах превышала естественную. В 50-х годах количество оленей превысило 12 тыс. голов. Начал резко сказываться перевыпас, угрожающий существованию леса. Управление парка вынуждено было начать отстрел оленей. Его проводят сотрудники парка в зимний период, но в недостаточных количествах; по мнению экологов, он должен быть увеличен вдвое, что трудноосуществимо без резких нарушений общей рекламационной ситуации в парке. Назрела парке и проблема перевыпаса бизонов.
Проводимые в 30-х годах химические методы борьбы с вредителями леса на некоторых участках также повлекли за собой нарушение экосистемы, не восстановившейся и по сей день.