Не менее интересны на Галапагосах рептилии, в том числе гигантские черепахи, которые, как и вьюрки, образуя различные виды и островные формы, натолкнули Чарлза Дарвина на мысль об эволюции. Как и в случае с вьюрками, очевидно, один вид гигантской черепахи достиг когда-то Галапагосов и в последующем дифференцировался на 25 видов и множество подвидов. В прошлом черепахи обитали на 11 из 13 островов архипелага, на каждом образуя особый подвид. Более того, на самом крупном о. Исабела было пять травянистыми растениями.
Испанцев, открывших эти острова, поразило обилие гигантских черепах, мясо которых оказалось необычайно нежным, вкусным и жирным. Пираты, а затем китобои заготовляли десятки тонн черепашьего мяса и жира. Герпетолог Таунсенд по судовым журналам установил, что американские китобои в общей сложности перевезли с Галапагосов сотни тысяч тонн черепашьего мяса. Не вызывает удивления, что на ряде островов черепахи вскоре исчезли, а на других стали редкими. Продолжали истреблять черепах, главным образом из-за жира, и поселенцы на островах. Способствуют истреблению их одичавшие собаки и свиньи, которые выкапывают кладки яиц и поедают маленьких черепашек.
Потрясающее впечатление производит на каждого посетителя Галапагосов морская игуана
Галапагосские морские игуаны — единственный вид ящериц, вся жизнь которых связана с морем, точнее с узкой прибрежной зоной мелководья и полоской берега. Морские игуаны — великолепные пловцы, но в воде свои длинные лапы они прижимают к туловищу и плывут, змееобразно изгибая туловище и хвост. Острые загнутые когти помогают им быстро взбираться на скалистые берега.
С первыми лучами солнца игуаны покидают расщелины скал, где проводили ночь, и греются на солнце, ожидая отлива. При низкой воде они пасутся под водой, кормясь обильными водорослями. Как только уровень воды начинает повышаться, ящерицы возвращаются на берег, спасаясь от акул, которые любят заплывать на отмели вместе с прибывающей водой.
Вернувшись с пастбищ, игуаны неизменно занимают свои места: на возвышенном участке лавы — самец, а рядом несколько самок, которых он тщательно охраняет, встречая пришельца позой угрозы. Иногда среди соперников возникают драки, во время которых противники сталкиваются лбами, стараясь прогнать один другого с занятого участка. В период кладки яиц дерутся также и самки, очевидно, из-за малого числа мест, удобных для кладки яиц. Каждая самка откладывает в ямку, вырытую в песке, два яйца длиной около 10 см, оберегая место кладки от других самок.
Кормясь в море, игуаны поглощают с пищей огромное количество морской воды, а тем самым и избыточное количество солей. В связи с этим у этих ящериц, как у некоторых морских птиц и черепах, развились особые соляные железы, протоки которых открываются в носовую полость, откуда капельки секрета поступают наружу. Соляные железы выделяют жидкость с очень высокой концентрацией солей, освобождая организм от их чрезвычайного насыщения.
В зоне колючих кустарников и кактусов живут другие игуаны — конолофы
Кроме того, в сухих прибрежных районах большинства островов есть еще небольшие, до 30 см длины, насекомоядные игуаны, относящиеся к южноамериканскому роду
Наземные млекопитающие, не считая завезенных человеком мышей, крыс, свиней и коз, представлены двумя родами небольших южноамериканских рисовых