Ее любимый далеко. Нет, не в ее объятиях он попросил мгновенье повременить. Сейчас вместе с неотлучным Мефистофелем он мчится во мраке — скоро на горе в Вальпургиеву ночь начинается шабаш ведьм. Вокруг героя царит истинная вакханалия — мимо проносятся ведьмы, перекликаются бесы, кикиморы и черти, все объято разгулом, дразнящей стихией порока и блуда. Фауст не испытывает страха веред кишащей повсюду нечистью, которая являет себя во всем многоголосом откровении бесстыдства. Это захватывающий дух бал сатаны. И вот уже Фауст выбирает здесь красотку помоложе, с которой пускается в пляс. Он оставляет ее лишь тогда, когда из ее рта неожиданно выпрыгивает розовая мышь, "Благодари, что мышка не сера, и не горюй об этом так глубоко", — снисходительно замечает на его жалобу Мефистофель.
Однако Фауст не слушает его. В одной из теней он угадывает Маргариту. Он видит ее заточенной в темнице, со страшным кровавым рубцом на шее, и холодеет. Бросаясь к дьяволу, он требует спасти девушку. Тот возражает: разве не сам Фауст явился ее соблазнителем и палачом? Герой не желает медлить. Мефистофель обещает ему наконец усыпить стражников и проникнуть в тюрьму. Вскочив на коней, двое заговорщиков несутся назад в город. Их сопровождают ведьмы, чующие скорую смерть на эшафоте.
Испившая все беспредельное унижение публичного позора и страдания от совершенных ею грехов, Маргарита лишилась рассудка. Простоволосая, босая, она поет в заточении детские песенки и вздрагивает от каждого шороха. При появлении Фауста она не узнает его и съеживается на подстилке. Он в отчаяньи слушает ее безумные речи. Она лепечет что-то о загубленном младенце, умоляет не вести ее под топор, Фауст бросается перед девушкой на колени, зовет ее по имени, разбивает ее цепи. Наконец она сознает, что перед нею друг. "Ушам поверить я не смею, где он? Скорей к нему на шею! Скорей, скорей к нему на грудь! Сквозь мрак темницы неутешный, сквозь пламя адской тьмы кромешной и улюлюканье и вой..."
Она не верит своему счастью, тому, что спасена. Фауст лихорадочно торопит ее покинуть темницу и бежать. Но Маргарита медлит, жалобно просит приласкать ее, упрекает, что он отвык от нее, "разучился целоваться". Фауст снова теребит ее и заклинает поспешить. Она говорит Фаусту, что нет хуже участи, чем "шагаться с совестью больной", и отказывается покинуть темницу Фауст порывается остаться с нею, но девушка гонит его. Появившийся в дверях Мефистофель торопит Фауста, они покидают тюрьму, оставляя Маргариту одну. Перед уходом Мефистофель бросает, что Маргарита осуждена на муки как грешница. Однако голос свыше поправляет его: "Спасена". Предпочтя мученическую смерть, Божий суд и искреннее раскаяние побегу, девушка спасла свою душу. Она отказалась от услуг дьявола.
В начале второй части мы застаем Фауста, забывшегося на зеленом лугу в тревожном сне. Летучие лесные духи дарят покой и забвение его истерзанной угрызениями совести душе. Через некоторое время он просыпается исцеленный, наблюдая восход солнца. Его первые слова обращены к ослепительному светилу. Теперь Фауст понимает, что несоразмерность цели и возможностей человека может уничтожить, как солнце, если смотреть на него в упор. Ему милей образ радуги, "которая игрою семицветной изменчивость возводит в постоянство". Обретя новые силы в единении с прекрасной природой, герой продолжает восхождение по крутой спирали опыта. На этот раз Мефистофель приводит Фауста к императорскому двору. В государстве, куда они попали, царит разлад из-за оскудения казны. Ник-то не знает, как поправить дело, кроме Мефистофеля, выдавшего себя за шута. Искуситель развивает план пополнения денежных запасов, который вскоре блестяще реализует. Он пускает в обращение ценные бумаги, залогом которых объявлено содержание земных недр. Дьявол уверяет, что в земле множество золота, которое рано или поздно будет найдено, и это покроет стоимость бумаг. Одураченное население охотно покупает акции, "и деньги потекли из кошелька к виноторговцу, в лавку мясника. Полмира запило, и у портного другая половина шьет обновы".
Мефистофель между тем вручает ему волшебный ключ, дающий возможность проникнуть в мир языческих богов и героев. Фауст зрит Париса и Елену, олицетворяющих мужскую и женскую красоту. Слепящую красоту Елены он сравнивает с хлынувшим потоком сиянья. "Как мир мне дорог, как впервые полон, влекущ, до подлинен, неизглаголан!" Однако его стремление удержать Елену не дает результата. Образ расплывается и исчезает, раздается взрыв, Фауст падает наземь.
Теперь он одержим идеей найти прекрасную Елену. Его ждет долгий путь сквозь толщи эпох. Этот путь пролетает через его бывшую рабочую лабораторию, куда перенес его в забытьи Мефистофель.
Усердный Вагнер, дожидаясь возвращения учителя, занят созданием в колбе искусственного человека, твердо полагая, что "прежнее детей прижитье — для нас нелепость, сданная в архив". На глазах усмехающегося Мефистофеля из колбы рождается Гомункул, страдающий от двойственности собственной природы.