Надо сказать, что Федеральное бюро как тогда, так и теперь отвечает за обеспечение внутренней безопасности страны. Эта функция изначально подразумевала борьбу с «внутренними врагами» США, то есть с лицами и организациями, ставящими целью свержение американского правительства, нанесение ущерба интересам Соединенных Штатов, нарушение конституционных прав американских граждан. Кроме того, в рамках этой задачи, начиная с 1936 г., ФБР занималось так называемой внутренней разведкой, собирая сведения о деятельности экстремистских организаций как правого, так и левого толка, с тем, чтобы определить степень их опасности для политической системы США и установить, в какой мере они связаны с иностранными державами. Так, против активистов Социалистической рабочей партии (СРП), основанной в 1938 году малочисленной (в период расцвета насчитывала около 3 тысяч членов) организации, придерживавшейся троцкистских взглядов, агенты ФБР устраивали разнообразные провокации. В частности, в газеты направлялись анонимные заявления, что они — развратники, алкоголики, а в Налоговое ведомство сообщали, что члены этой партии мошеннически скрывают доходы, нарушают законы о социальном страховании. Один из активистов СРП — преподаватель философии университета штата Аризона — был обвинен в неблаговидных поступках, несовместимых с его положением педагога. Через секретных агентов, засланных в СРП, ФБР инспирировало внутренние раздоры, личные и иные конфликты между ее активистами и другими общественными организациями.
С 1939 г. ФБР занималось только гражданскими и уголовными делами. Военная контрразведка находилась в ведении армии и флота. Однако с началом Второй мировой войны Рузвельт возложил на ФБР прежние обязанности — борьбу со шпионажем и саботажем, а также предотвращение попыток государственного переворота. Под руководством Эдгара Гувера ФБР стало ведущей агентурной организацией, главная задача которой — контрразведка, то есть борьба с японскими, немецкими, советскими шпионскими организациями. Кроме того, ряд подразделений ФБР отвечали за разработку групп коммунистического и профашистского толка. Фактически сотрудники ФБР с этого момента стали выступать в несвойственной им роли тайной политической полиции.
В апреле 1939 г. Конгресс США одобрил, а президент США Рузвельт подписал закон о национальной обороне, разрешающий, в частности, приобрести 6 тысяч самолетов, на что национальным бюджетом было специально выделено 300 миллионов долларов. Закон предусматривал призыв резерва, увеличивающий число офицеров ВВС США до 3203, а обслуживающего персонала до 45 000 человек.
В июне 1939 г. Рузвельт тайно распорядился о том, чтобы все государственные структуры в обязательном порядке доносили в ФБР обо всех фактах, «непосредственно или косвенно относящихся к шпионажу, контршпионажу и саботажу». Тем самым, с 1939 г. ФБР становится головным органом контрразведки США. В сентябре 1939 г. в составе ФБР было воссоздано Управление общих расследований с целью «расследования деятельности групп и граждан, вовлеченных в подрывную, шпионскую и любую другую деятельность, которая создает угрозу национальной безопасности США». Хотя в 1934 году Конгресс и запретил телефонное прослушивание (Закон о средствах связи), но, тем не менее, ФБР с санкции Министерства юстиции продолжало этим заниматься. Руководство министерства трактовало закон, как запрет не на само прослушивание, а лишь на разглашение информации, полученной таким способом.
Вскоре Рузвельт издал секретную директиву, разрешавшую прослушивать телефоны людей, подозреваемых в подрывной антигосударственной деятельности, после чего сотрудники ФБР тайно проникли в нью-йоркский офис Американского молодежного конгресса и перефотографировали некоторые документы, среди которых были письма от Элеоноры Рузвельт, жены президента. Санкционировал шеф ФБР «негласные обыски» и в помещениях черных общин Соединенных Штатов, объясняя это своей озабоченностью по поводу «брожения среди негров». В этот же период американская радиоконтрразведка — в лице Агентства национальной безопасности (АНБ) США — приступила к перехвату советских шифровок.
Парадокс заключался в следующей закономерности: разгул политических репрессий со стороны Бюро расследований приходится на президентство либерала Вудро Вильсона, затем эта деятельность прекращается при консервативном президенте Кэлвине Кулидже и вновь расцветает при либерале Франклине Рузвельте. После начала Второй мировой войны Гувер отдал распоряжение своим подчиненным — подготовить справки на всех лиц, замеченных «в симпатиях к Германии, Италии и коммунизму». Фамилии этих людей заносились в особый список, по которому планировалось провести аресты в случае вступления Соединенных Штатов в войну. Гувер также санкционировал негласные обыски в помещениях дипломатических представительств иностранных держав с целью получения секретной информации.