Примерно в VI веке в Синьцзяне появилось манихейство и несторианство (напомню — ответвление христианства, утверждающее человеческую сущность Христа). Манихейство завезли сюда согдийские купцы из Средней Азии. Они осели на Алтае, в Турфане, Лобноре и других районах и образовали свои общины. Уйгуры, после их переселения в Синьцзян в середине IX века, восприняли манихейство, и оно даже стало главенствующей религией в Уйгурском каганате, однако будучи деструктивным религиозным верованием, не смогло надолго закрепиться среди населения. Вместе с манихейством в Синьцзян пришло и несторианство, называемое в Китае «цзинцзяо». Первое время несторианство распространялось в районе Турфана.
Сначала правления династии Западная Ляо (с 1124 г.), а в особенности в период правления династии Юань (до 1368 г.) несторианство занимало весьма серьезные позиции в Синьцзяне. Известно, что моголы весьма благоволили к этому христианскому течению. В те времена Кашгар, к примеру, являлся одним из несторианских районов. Марко Поло в свое время сообщал о наличии в Синьцзяне несторианских соборов и несториан в районах Кашгара, Еркана, Хотана, Луньтая, Или, Турфана и Хами. В этот период множество уйгуров исповедовали христианство несторианского толка. После падения династии Юань христианство в здешних местах постепенно пришло в упадок.
Следует отметить, что процесс проникновения христианства в Центральную Азию начался сразу после распятия Иисуса Христа. Уже святой апостол Фома проповедовал здесь Евангелие по пути в «страны индийские», подтверждением этому может служить тот факт, что индийские общины до новейших времен называли себя «христианами апостола Фомы». Очень интересен и тот факт, что в государстве гуннов-эфталитов, а оно охватывало в V–VI веках едва ли не всю Центральную Азию, христианство было объявлено даже государственной религией. Так, идеологическим основанием для союза эфталитов и армян в борьбе с зороастрийской Персией служило именно единство веры. Христианство, однако, не стало в этом случае общенародной религией и мирно уживалось с буддизмом, огнепоклонничеством и племенными культами.
В Центральной Азии действовали следующие митрополии: Мервская (кафедральный центр в Мерве, современный г. Мары, Туркменистан); Самаркандская, объединявшая общины Маверонахра (междуречье Амударьи и Сырдарьи, современный Узбекистан); Винкердская (центр в Винкерде, ныне городище на границе Ташкентской и Сырдарьинской областей); Невакетская (центр в Невакете, который был одной из столиц Тюркского каганата, в данный момент — это городище близ поселка Красная Речка в Кыргызстане). Невакетская митрополия объединяла общины Семиречья (современный Кыргызстан и Западный Казахстан). В XI веке Невакетская митрополия простирала свое влияние на громадную территорию нынешнего Казахстана, земель Восточного Туркестана и отдельных районов Сибири. Здешний церковный иерарх носил титул митрополита Невакетского и Кашгарского (по городу Кашгару в Восточном Туркестане, бывшему столицей государства кара-киданей).
Появление ислама в начале X века в Синьцзяне связано с политикой династии Караханидов, которая в середине IX века создала на территории Средней Азии и Синьцзяна, где проживали тюркоязычные национальности, свое государство. Караханиды провозгласили ислам на этих территориях господствующей религией и развязали против буддийского государства Юйтянь «священную войну». В результате Юйтянь пал, и сюда пришел ислам. Династия Караханидов на этом не остановилась и объявила войну уйгурам Гаоча-на, которая закончилась для нее поражением.
В начале XIII века Синьцзян вошел в состав улуса Чагатая, а в 1346 году правитель улуса Туглук Тимур принял ислам, став здесь первым могольским ханом-мусульманином. Затем последовал процесс «исламизации» Синьцзяна, зачастую насильственными методами, и к началу XVI века Тур-фан и Хами вошли в сферу влияния этой религии.
В конечном итоге мусульманство стало на территории Восточного Туркестана главенствующей религией. Буддизм и даосизм потеряли свое влияние, а зороастризм, манихейство и несторианство исчезли совсем. Между тем со времени начала правления династии Мин (1368–1644) в Синьцзяне приобрел весомое значение тибетский ламаизм (форма буддизма), а с приходом к власти династии Цин (1644–1911) буддизм и даосизм снова обрели здесь своих сторонников, возродив свойственную для Синьцзяна обстановку веротерпимости.