Бойцы служили в Пальмахе как в регулярной армии и проходили усиленные курсы подготовки, чтобы в любой момент выполнить необходимое задание. Их обучали по 13-15 часов в сутки - стрельбе из винтовок и пулеметов, рукопашному бою, ориентировке на местности и проведению диверсий; девушки в ударных отрядах служили разведчицами, медсестрами, связистами. Командовал Пальмахом Ицхак Саде - было ему тогда 51 год, и бойцы называли его "старик". Человек большой физической силы, Саде пошел добровольцем в русскую армию во время Первой мировой войны, был награжден за храбрость; с 1918 года служил командиром в Красной армии, бежал в Белую армию, но обнаружив там антисемитские настроения, уехал в Эрец Исраэль.
Командирами первых ударных отрядов стали двадцатитрехлетний Игаль Алон и двадцатишестилетний Моше Даян. И. Алон вспоминал: "Мой отец был свидетелем торжественной церемонии рождения Пальмаха в эвкалиптовой роще на берегу Кинерета... Частенько он приходил туда - поглядеть на тренировки отряда, которым я командовал... Горящими глазами следил он за нашей учебой... и говорил: "Если бы в наше время мы умели это делать, кто знает, чего бы мы добились..." Отец не признавал высокопарных слов, и я был удивлен, когда он сказал: "Знаешь ли ты, Игаль, что командуя первым отрядом Пальмаха, ты являешься первым командиром еврейской армии со времен Бар-Кохбы?"..."
Летом 1941 года англичане готовились к вторжению в Ливан; им требовались опытные люди, чтобы стали проводниками, совершали диверсии в тылу врага, и бойцы Пальмаха удовлетворяли этим требованиям. 7 июня британские войска начали наступление против французских войск в Ливане - союзников Германии. Отряд И. Алона участвовал в захвате моста через реку Литани к северу от Метулы; другой отряд совместно с австралийскими солдатами проводил боевые операции к северу от Рош га-Никра, - в бою был тяжело ранен и потерял глаз М. Даян.
В 1942 году возникла непосредственная опасность вторжения: немецкие танки продвигались в сторону Каира, и если бы они захватили Египет, следующей на очереди стала бы Палестина. На севере немцы захватывали гигантские территории Советского Союза, подходили к Кавказу, а оттуда тоже был прямой путь на эту землю - через Турцию, Сирию и Ливан. Англичане понимали, что в этот критический момент их интересы совпадают с интересами еврейского населения, и начался период активного сотрудничества.
Разработали "План действий на случай захвата Палестины врагами" и выделили средства для обучения 300 человек. При отступлении британской армии - если бы таковое произошло - еврейские бойцы должны были остаться в стране для совершения диверсий. С той же целью создали особый "немецкий отдел" из 60 евреев - выходцев из Германии и Австрии, которые изучали поведение немцев и их манеры. "Наш лагерь был похож на немецкий военный лагерь, - вспоминал их командир. - Мы жили в казармах, украшенных нацистскими флагами и эмблемами. У входа в казарму стояли охранники, облаченные в форму немецких солдат".
Командование Хаганы создало свой план на случай вражеского вторжения. Горы Западной Галилеи вокруг Хайфы следовало превратить в защитную зону, где бойцы Хаганы могли бы приостановить наступление немецких частей, используя условия местности. К лету 1942 года положение в Египте стало угрожающим; англичане создали линию обороны возле железнодорожной станции Эль-Аламейн, в 100 километрах западнее Александрии, и отряды Пальмаха были срочно отправлены на юг, к линии фронта.
Еврейское население переживало тяжелое время; одни запасали продукты, другие продавали свое имущество и искали способы уехать из страны. Мандатная администрация подготовила план эвакуации британских подданных, но всё, в конце концов, закончилось благополучно. 23 октября 1942 года английская артиллерия возле Эль-Аламейна открыла огонь из тысячи стволов по немецко-итальянским позициям; британские войска генерала Б. Л. Монтгомери разгромили африканский корпус генерала Э. Роммеля, и опасность вторжения в Палестину миновала.
Вскоре после этого изменилось отношение англичан к еврейским отрядам; они забрали оружие у бойцов Хаганы и перевезли его на склад возле Хайфы. В марте 1943 года отряд Пальмаха проник на этот склад, вывез оттуда более 200 винтовок и 22 пулемета, не потревожив охранников, - с этого момента прекратилось военное сотрудничество с британскими властями.
В августе 1943 года англичане судили Авраама Райхлина и Арье Сыркина, бойцов Хаганы, за нелегальную доставку из Египта винтовок и патронов. Г. Меир выступила на суде по просьбе защитников и сказала обвинителям: "Еврей или еврейка берут в руки оружие, чтобы противостоять оружию. Но если вы считаете их преступниками, то вам потребуется много новых тюрем. Каждый житель страны. знает, что без самообороны от еврейского населения ничего бы не осталось". Приговор суда: одному обвиняемому десять лет заключения, другому - семь.