После того как князь Юрий Долгорукий покинул эту свою загородную резиденцию (поскольку он повысил свой статус), селение это стало приходить в упадок, стало казаться забытым, покинутым местом, отчего и произошло его название Покидекша, потом – Кидекша. В 1238 г. ордынцы захватили и разграбили это поселение, повредили церковь Бориса и Глеба, но в 1239 г. ее уже восстановили. Позже (в IV – ХVIII вв.) в Кидекше был мужской монастырь. Борисоглебский храм был мужским монастырем, он в ХVIII в. был частично перестроен. В ХIХ в. к храму пристроили паперть, ещё раньше – построили колокольню, Стефановскую церковь, Святые ворота, ограду. От древнего историко-архитектурного комплекса сохранились остатки земляных валов (ХII в.), высокая с шатровым завершением колокольня (середина ХVIII в.), Стефановский храм (1780), Святые ворота (середина ХVШ в.), главный белокаменный храм во имя Бориса и Глеба (1152).
Храм Бориса и Глеба
имеет исключительную архитектурно-художественную ценность. Он является древнейшим, то есть самым ранним памятником белокаменного зодчества Северо-Востока Руси, основоположником всех владимиро-суздальских храмов, их архитектурным прототипом. Борисоглебский храм оценивается как родоначальник возникших после него классических произведений владимиро-суздальской архитектуры времен князей Андрея Боголюбского и его брата Всеволода III. В Борисоглебском храме сохранились фрески ХII в. и погребения князя Бориса Юрьевича, его жены, а также дочери. Храм Бориса и Глеба в Кидекше включен в список Всемирного культурного и природного наследия. В наши дни в местной церкви во имя Стефания совершают службы раскольники.