Положение этого “завоевателя Женевы” становилось все более затруднительным. Со свойственной ему страстной решительностью он вначале принялся было за водворение порядка в церкви. Он настаивал на исправном посещении проповеди, на проведении строгой нравственной дисциплины, старался поднять школьное образование, пришедшее в упадок в смутную эпоху борьбы. Но результаты всех этих усилий оказались ничтожными. Строгие меры вызывали громкий ропот. Совет, стремившийся, по образцу Берна, подчинить церковь государству, относился подозрительно к требовательному проповеднику. Особенно сильное неудовольствие вызвало требование Фареля об отлучении от церкви всех тех, кто не хотел подчиниться введенной им строгой нравственной дисциплине. Он начинал понимать всю шаткость своего положения среди населения, в котором еще не исчезли прежние католические симпатии. У него не было энергичных помощников, на которых он мог бы опереться; да и сам он, при всем своем красноречии, более способен был разрушать старое, чем созидать новое. Это был народный оратор, увлекавший за собою толпу огнем своих речей, но ему недоставало организаторского таланта, с помощью которого он мог бы придать своему делу устойчивость. Мужество начинало покидать его; он чувствовал, что дело, столь блистательно начатое, может погибнуть. Он обращается к отдаленным друзьям и единомышленникам, просит у них совета, помощи...
Легко понять, с каким восторгом он вдруг узнает о приезде знаменитого ученого. Нет сомнения, сам Господь послал ему желанного помощника. Немедленно отправляется он по указанному адресу и настоятельно просит Кальвина остаться в Женеве и посвятить себя делу организации церкви. Но для Кальвина в этом предложении не было ничего заманчивого. Он жаждал покоя, а ему предлагают снова кинуться в бурный водоворот страстей. Он стал ссылаться на свою молодость, неопытность, на врожденную робость, на необходимость продолжать свои научные занятия. Однако Фарель не принимает никаких возражений. Он настаивает все сильнее и сильнее и, наконец, выведенный из себя упорством своего собеседника, восклицает вдохновенным тоном: “А, ты выставляешь предлогом свои занятия, но именем всемогущего Бога я объявляю тебе: божественное проклятие постигнет тебя, если ты откажешь нам в своем содействии и будешь заботиться больше о себе, чем о Христе”.
Это грозное воззвание решило дело. Кальвину показалось, что устами этого вдохновенного проповедника говорит само Божество. Испуганный, потрясенный, он решается последовать внушению Фареля. Он только просит позволения отправиться на короткое время в Базель, чтобы привести в порядок свои дела. И действительно, в конце августа он снова возвращается в Женеву, чтобы наряду с Фарелем работать над упрочением в ней реформации.
Трудно представить себе людей, более не похожих друг на друга, чем эти два реформатора Женевы. Один – пылкий, экзальтированный, с бурным красноречием, смело и бесстрашно устремляющийся туда, где грозит наибольшая опасность, тип народного оратора, демагога, который может действовать только на массы. Другой – спокойный, рассудительный, кабинетный ученый, оратор, который не столько увлекает своих слушателей, сколько их убеждает, организаторский талант, всюду стремящийся внести порядок и систему. От природы робкий, чуждающийся света, он обладает, однако, мужеством, внушаемым сознанием долга, и, раз убедившись в необходимости того или другого шага, не отступит уже ни перед какой опасностью. Середину между ними занимал Вире, один из наиболее деятельных сподвижников Фареля при введении реформации в Женеве. Это был также замечательный оратор, но в его красноречии не было той бурной страстности, которой отличались проповеди Фареля. Своею мягкой гармонической речью он очаровывал слушателей, успокаивал страсти, погружая души в какой-то мистический экстаз.
Между этими тремя людьми, так прекрасно дополнявшими друг друга, завязывается теперь самая тесная дружба, которая остается неизменной в течение всей их жизни. Впоследствии, разлученный со своими друзьями, Кальвин поддерживает с ними самую оживленную переписку, сообщает им обо всем, что происходит в Женеве, часто спрашивает их совета, зовет на помощь. Кальвин в особенности уважал Фареля за то бескорыстие, с которым он уступил ему свое место духовного главы Женевы, руководствуясь только благом этого города.