Французские эмигранты называли Страсбург “новым Иерусалимом”. Действительно, после Виттенберга вряд ли какой-нибудь другой город принимал такое живое участие в религиозном движении того времени. Здесь можно было встретить представителей всех религиозных течений. Лютеране, цвинглианцы, анабаптисты, последователи Эколампадия и других второстепенных германских реформаторов – все они пользовались почти неограниченной свободой проповеди. Таким образом, в этом городе, в котором, так же как и в Женеве, германский мир приходил в близкое соприкосновение с романским, совершался непрерывный обмен идей, и тому, кто захотел бы следить за движением религиозной мысли, проникнуть в смысл происходившей вокруг него великой борьбы, трудно было бы отыскать более удобный пункт для наблюдений.
Но Кальвин так же мало думал тогда о преимуществах новой открывающейся ему арены деятельности, как и при своем первом появлении в Женеве. Бусеру стоило больших усилий уговорить его приехать в Страсбург. Неудачи в Женеве оставили неизгладимый след в сердце изгнанного проповедника. Им снова овладело глубокое отвращение к общественной деятельности, он не хотел больше борьбы, жаждал покоя и на все приглашения Бусера отвечал вначале упорным отказом. К тому же он не хотел расставаться со своим другом и товарищем по несчастью, Фарелем. Но когда последний получил приглашение в Невшатель и сам стал уговаривать его принять предложение Бусера, Кальвин наконец сдался.
Впрочем, опасения его оказались напрасными. Принятый весьма радушно местными теологами и многими уважаемыми гражданами, он скоро совершенно освоился со своим новым положением. Его назначили лектором при академии и проповедником при французской церкви Св. Николая. Городской магистрат совершенно не вмешивался в дела французской общины и предоставил проповеднику полную свободу действий. Здесь, среди эмигрантов, пострадавших за свою преданность новому учению, ему, конечно, не предстояло иметь дело с такими враждебными партиями, как в Женеве. Он имел поэтому полную возможность осуществить на новом месте тот идеал церковной и нравственной дисциплины, к которому стремился в Женеве. И действительно, результаты, достигнутые им в этом отношении, были громадными. Уже в первые недели после своего назначения ему удалось ввести ежемесячное причащение и церковное отлучение всех недостойных. Всякий желавший быть допущенным к причастию должен был раньше подвергнуть себя испытанию своего духовного пастыря и обещать исправиться; не исполнявшие это требование исключались из общения с верующими. Правда, и здесь, несмотря на отсутствие противодействия со стороны светских властей, новые меры вызывали вначале сильное неудовольствие, но Кальвин оставался непреклонным и настоял на своем. Благодаря его энергии община французских эмигрантов получила такую образцовую организацию, которая приводила в изумление немецких пасторов.
Таким же успехом сопровождалась деятельность Кальвина как лектора. Так же, как в Женеве, он комментировал своим слушателям послания апостола Павла, принимал участие в публичных диспутах и все увеличивал число приверженцев своего учения. Ему даже удалось обратить многих анабаптистов. Совет относился к нему с величайшим уважением, часто спрашивал его мнение в важных делах. Лекции Кальвина привлекали массы слушателей из разных концов Франции; его приезжали слушать даже из Англии.
В Страсбурге же Кальвин снова вернулся к своим литературным занятиям, на которые ему не хватало досуга в Женеве. Уже летом 1539 года было готово к печати второе издание “Христианской институции”, представляющее самую значительную из всех переработок этого сочинения. В том же году он издал свое толкование “Послания к римлянам”, одно из лучших экзегетических произведений реформатора. Наконец к этому же времени относится и его “Небольшой трактат о св. причастии”, предназначавшийся для обыкновенной читающей публики и потому написанный по-французски.
Кальвин, очевидно, решил поселиться в Страсбурге надолго. Еще летом 1539 года он принял страсбургское гражданство, записавшись для этого в цех портных. В то же время он стал серьезно подумывать о том, чтобы основать собственный семейный очаг, и просил друзей помочь ему в поисках подруги жизни. В письме к Фарелю Кальвин высказывает свой взгляд на те достоинства, которыми должна отличаться его будущая жена. “Я не принадлежу, как ты знаешь, к числу тех людей, которые гоняются лишь за внешней красотой и поклоняются даже недостаткам любимой женщины. Мне может понравиться только женщина кроткая, скромная, терпеливая, хорошая хозяйка, заботящаяся о здоровье своего мужа”.