Здесь он живет некоторое время спокойно, любимый всеми за свой благородный, великодушный характер, за участие к бедным. Но скоро слухи об успехах Кальвина снова заставляют его приняться за теологию. Он вступает с Кальвином в переписку, старается обратить его к своим взглядам и в 1546 году посылает ему рукопись своего нового сочинения, “Christianismi restitutio”, которое представляет полное изложение его учения. Это какое-то странное соединение пантеистического учения анабаптистов с учением Евангелия. Догмат о троичности отвергается решительно: Христос – простой человек, в котором воплотился божественный разум; христиане, поклоняющиеся Троице, – трехбожники. Тон сочинения какой-то мистический; автор применяет к себе апокалипсические предсказания и выражает твердое убеждение, что все другие реформаторы должны ему подчиниться.
Прочитав рукопись, Кальвин был возмущен и в письме к Вире выразился, что если Сервет попадет в Женеву, то живым оттуда не выйдет; в то же время он прекратил с ним всякие сношения. Но Сервет не обратил на его гнев никакого внимания и через некоторое время напечатал свое сочинение в большом количестве экземпляров, которые были разосланы в разные места; несколько экземпляров было послано и в Женеву.
Появление еретической книги вызвало всеобщее негодование. Начались розыски, кто ее автор, но Сервет благоразумно не выставил на сочинении ни своего имени, ни названия типографии, и дело заглохло бы, если бы секретарь Кальвина не написал во Вьенну своему родственнику, указывая прямо на Сервета как на автора. Когда же этого оказалось недостаточно, секретарь прислал его собственноручные письма к Кальвину, где проводились те же взгляды, что и в анонимном сочинении. улики, таким образом, были налицо. Сервет был арестован; против него начат процесс, во время которого ему удалось, однако, бежать; уже в его отсутствие вьеннский архиепископ присудил его к сожжению.
Кальвин уверял впоследствии, что компрометирующие письма были посланы без его ведома, но сам секретарь писал родственнику, что ему, хотя и с большим трудом, удалось выпросить их от Кальвина.
Счастливо избежав рук католической инквизиции, Сервет решил поселиться в Неаполе, чтобы заняться там медициной, и после трехмесячного скитания попал проездом в Женеву.
Неизвестно, какие именно причины задержали его тут. В то время борьба с либертинами была в самом разгаре и клонилась не в пользу Кальвина. Возможно, что именно это и побудило его остаться. Как бы то ни было, Сервет застрял в Женеве на целый месяц и когда наконец 13 августа 1553 года собирался уже уехать, Кальвин, открывший его пребывание, указал на него магистрату, который велел его немедленно арестовать.
С тех пор активное участие Кальвина в осуждении Сервета является несомненным. Он сам выступает его обвинителем, старается все более и более запутать его во время допросов, не дозволяет ему дать защитника. Тем не менее в совете было несколько людей, которые хотели спасти Сервета, в том числе Ами Перрен. Совет решил поэтому выслушать мнения других швейцарских кантонов и отказал вьеннскому архиепископу, потребовавшему выдачи осужденного.
Но пока был получен ответ от швейцарских кантонов, положение Сервета было самое ужасное. Он жаловался совету, что содержится в отвратительной яме, что одежда на нем распадется на куски, просил послать ему хотя немного белья. Но все эти жалобы оставались без последствий. Тогда Сервет пришел в отчаяние. В лихорадочном возбуждении он пишет совету письмо за письмом, просит передать его дело “совету двухсот”, выставляет обвинения против Кальвина, требуя предания его суду как еретика. Все это, конечно, также оставляется без последствий, и, получив ответ кантонов, единогласно высказавшихся против Сервета, совет (25 октября) присуждает его к сожжению.
Остальные подробности процесса еще более возмутительны. Ни Кальвин, ни Фарель, приехавший специально в Женеву, чтобы присутствовать при казни еретика, не выказали ни малейшей жалости к нему. Сервет до последней минуты не знал, что его ждет костер вместо плахи, и когда, приведенный на место казни, увидел ужасные приготовления, то в первые минуты совершенно обезумел от отчаяния. Фарель, сопровождавший его в качестве духовника, не сказал ему ни слова в утешение и только возмущался тем, что несчастный, несмотря на все свое отчаяние, не соглашается отречься от ереси, чтобы добиться смягчения наказания.
Сервет, обложенный со всех сторон дровами, с венком из соломы на голове, погиб настоящим мучеником за свои убеждения. Протестанты, очевидно, не хотели уступить католикам в искусстве подавлять ереси.