Выступили против кальвинистов и различные радикальные группировки, в частности анабаптисты и "либертины", с которыми Кальвину пришлось полемизировать в своей работе "Contre la secte furieuse des Libertins, nommes spirituels" ("Против неистовой секты либертинов, именуемых спиритуалами", 1545). По их учению, существует лишь единая Божественная субстанция, которая проявляется во всех творениях. Все, что создано, происходит от Бога и есть сам Бог. Бог есть все - и материя и дух. Следовательно, все божественно: нет ни ангелов, ни демонов, ни добра, ни зла, ни правды, ни лжи. Евангелие Божественно, но как и всякая друга книга. Все земные блага должны быть общей собственностью. Подобные идеи довольно широко были представлены в так называемой народной реформации.
Пользуясь попустительством магистрата, недовольная молодежь стала выступать против пасторов, задирать их на улице, демонстративно нарушать различные запреты, преследовать французов. Доклады и жалобы Кальвина, как правило, оставались без последствий. В 1549г. Кальвин и Генрих Буллингер заключили Цюрихское соглашение, по которому устанавливалось единство цвинглианской и кальвинистской церквей в некоторых спорных вопросах и закладывалась, таким образом, основа для их дальнейшего сближения. Но большинство цвинглианских проповедников все еще оставалась в оппозиции к Кальвину.
С 1551г. начался спор между Кальвином и представителями лютеранства в Германии, особенно Иоахимом Вестфалем. В этом же году начались столкновения Кальвина с французским врачом и ученым Жеромом Бользеком по поводу предопределения. Идеи Бользека оказались популярны и в Женеве. Здесь на его стороне выступил в 1552г. юрист Тролье, которому даже поручили цензуру сочинений Кальвина.