У Су-25 лейтенанта П. Голубцова ракетой наполовину оторвало хвост, но двигатели продолжали работать. Тормоза отказали, и после посадки самолет выкатился за полосу на минное поле, где летчику пришлось дожидаться саперов, чтобы выбраться. У другого самолета взрывом вырвало почти четверть крыла. На самолете капитана М. Бурака ракета снесла под корень почти весь киль, и летчику с большим трудом удалось приземлиться, управляя по курсу с помощью элеронов. Летчики рассказывали и о сильных взрывах в фюзеляже через несколько минут после гашения пожара в мотоотсеках. Взрывались не баки - заполнявшая их губка гасила ударную волну и останавливала пламя, но керосин продолжал хлестать из перебитых трубопроводов, заливая раскаленный двигатель.
Главный конструктор самолета В.П. Бабак несколько раз сам вылетал в ДРА, а один из изувеченных Су-25 с развороченным двигателем и следами пожара доставили в ОКБ. В большинстве случаев ракеты взрывались снизу-сбоку двигателей, разрушившиеся турбина и компрессор шли вразнос и летевшие во все стороны лопатки рубили все на своем пути хуже осколков. Чтобы изолировать поврежденный двигатель, защитить фюзеляжные отсеки и топливную арматуру от пожара, с самолета с серийным 09077 по бокам мотоотсеков между шпангоутами 18-21 и 21-25 установили стальные 5-мм экранирующие плиты и защитные маты из стеклоткани. Титановые тяги управления двигателем заменили на жаропрочные стальные, изменили прокладки топливных трубопроводов, укрыв их за экранами, а для предупреждения взрывов при утечках ввели автоматическую отсечку топлива при включении пожарной системы, защитив ею и хвостовую часть фюзеляжа с электрооборудованием и проводкой управления. Для обдува двигательного отсека и охлаждения сопел на мотогондолах установили воздухозаборники. В комплексе доработок смонтировали бронешторки фонаря, защищавшие голову летчика от опасного в ущельях огня с боков и сверху, и дополнительную бронеплиту, прикрывшую АСО - бывали случаи, когда автоматы отстрела выбивало осколками, и самолет оказывался беззащитным. Общая масса защиты Су-25 достигала 1100 кг, составив 11.5% массы конструкции. Штурмовики с повышенной боевой живучестью ("Су-25ПБЖ") стали поступать в Афганистан в августе 1987 года.
Для снижения риска поражения с конца 1986 года летчикам запретили опускаться ниже 4500 м, но этот приказ противоречил самому стилю работы штурмовиков и часто ими нарушался. А.В. Руцкой, согласно характеристике, - "сильный летчик и волевой командир", имел два взыскания за нарушение ограничения, а его Су-25 нес 39 пробоин. Для меньшей уязвимости на взлете и посадке штурмовики стали использовать маневр - нисходящую крутую спираль и снижение по короткой глиссаде, применяя для резкого снижения воздушные тормоза и почти парашютируя на полосу. Уход на второй круг считался уже серьезной ошибкой - в окрестной "зеленке" могли поджидать вражеские стрелки. 21 января 1987 года вылетевший из Баграма Су-25 старшего лейтенанта К. Павлюкова был сбит "Стингером" из засады. Летчик катапультировался, но в наступивших сумерках поисковые вертолеты не смогли его отыскать. Раненый пилот принял бой на земле, и израсходовав все патроны, подорвал себя гранатой.
Значительная часть повреждений боевых машин приходилась на грубые посадки из-за сложности маневра и большой скорости захода, требовавших повышенного внимания от возвращавшихся из боя измотанных несколькими вылетами летчиков. Редкий месяц обходился без аварий: штурмовики садились с минимальным остатком топлива, без выпуска закрылков и воздушных тормозов, задевали друг друга, не успевая вовремя отвернуть с полосы, теряли колеса и сносили шасси. Известно и немало случаев складывания передней стойки шасси при слишком жестком касании ВПП. Летом 1988 года летчик "захромавшего" Су-25 удержал самолет на пробеге настолько умело, что стесал о бетон лишь выступавший надульник пушки, не тронув обшивки, и уже на другой день снова летал. Сожженные на посадке тормоза и разлетевшиеся пневматики были будничным делом и в иной день случались по несколько раз. 27 октября 1988 года в Баграме севший до полосы Су-25 снес о ее бетонный порог все три стойки шасси, в облаке искр пронесся на брюхе и остановился, стесав фюзеляж по самую бронекабину. Летчик, не получивший даже ушибов, выбрался из останков штурмовика и отправился "сдаваться" в штаб.